单位只缴纳实用新型专利授权费是否合法，需分情况讨论：

1. 若单位与员工有明确约定：

   • 在劳动关系中，单位与员工可以通过劳动合同或专项协议明确约定专利费用的承担方式。若双方约定仅由单位承担实用新型专利的授权费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以协商约定劳动合同的内容，包括与知识产权相关的费用承担。只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，该约定即有效。

2. 若单位与员工无明确约定，但存在行业惯例或单位内部规章制度：

   • 在某些行业或单位内部，可能存在关于专利费用承担的惯例或规章制度。如果这些惯例或规章制度不违反法律法规的强制性规定，且员工在入职时或后续工作中已知悉并同意，那么单位只缴纳实用新型专利授权费的做法也可能被视为合法。
   • 注意点：然而，行业惯例或单位内部规章制度不能作为对抗员工合法权益的依据。如果员工对费用承担有异议，且该异议合理合法，单位应与员工进行协商解决。

3. 若单位与员工无明确约定，且无法律、行业惯例或单位内部规章制度支持：

   • 在这种情况下，单位只缴纳实用新型专利授权费的做法可能缺乏合法依据。根据一般法律原则，专利费用的承担应遵循公平、合理的原则。如果单位未与员工协商一致，单方面决定只承担部分费用，可能构成对员工权益的侵害。
   • 建议：员工可以与单位进行沟通协商，要求单位承担应由其承担的费用部分。如果协商无果，员工可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

额外提醒：

• 专利费用的承担问题不仅涉及法律层面，还涉及单位与员工之间的劳动关系和权益分配。因此，在处理此类问题时，应综合考虑多种因素，包括双方的约定、行业惯例、单位内部规章制度以及法律法规的规定。
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