三方协议证明书通常是由协议中明确指定的一方来准备和出具，或者由三方共同协商确定由哪一方来负责准备，具体取决于协议中的约定以及实际情况。以下从不同角度为你详细分析：

1. 协议中有明确约定的情况：

   • 如果三方协议中已经明确规定了哪一方负责准备和出具三方协议证明书，那么就应当按照协议中的约定来执行。这是最直接也最明确的方式，可以避免后续可能出现的争议和纠纷。例如，协议中可能规定由甲方负责准备并出具证明书，那么甲方就应当按照约定履行这一义务。

2. 协议中没有明确约定的情况：

   • 如果三方协议中没有明确规定哪一方负责准备和出具证明书，那么通常需要由三方共同协商确定。在这种情况下，各方可以根据自己的实际情况、能力以及协议的目的和意图等因素来综合考虑，选择最合适的一方来负责准备和出具证明书。
   • 协商过程中，各方应当秉持公平、合理和诚信的原则，充分考虑各方的利益和需求，以达成一个对各方都公平合理的协议。如果协商不成，也可以考虑通过法律途径来解决争议，比如请求法院或者仲裁机构来指定一方负责准备和出具证明书。

3. 实际操作中的建议：

   • 在签订三方协议时，建议各方就三方协议证明书的准备和出具问题提前进行明确约定，以避免后续可能出现的争议和纠纷。
   • 如果协议中没有明确约定，且各方无法就这一问题达成一致意见，那么可以考虑在协议中增加一条补充条款，明确规定由哪一方负责准备和出具证明书，或者规定一个协商解决的机制。
   • 在准备和出具三方协议证明书时，负责的一方应当确保证明书的真实性、准确性和完整性，以维护各方的合法权益。

法律背景与风险提示：

• 三方协议证明书作为协议履行过程中的重要文件，具有证明协议内容、履行情况以及各方权利义务等作用。因此，其准备和出具应当谨慎对待，确保符合法律法规和协议约定。
• 如果负责准备和出具证明书的一方未能按照约定履行义务，或者出具的证明书存在虚假、误导性内容，可能会承担相应的法律责任，包括但不限于违约责任、赔偿责任等。

如果你在处理三方协议证明书相关事宜时遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。