结论：合同章和法人章在法律上并未被明确禁止重叠加盖，但为了避免潜在的法律风险和争议，建议在实际操作中分开加盖。
法律层面分析
法律未设限制：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同的有效性主要取决于当事人的真实意思表示及合同内容的合法性，而并未对公章和法人章的加盖位置或方式作出强制性规定。因此，从法律层面看，公章与法人章的重叠加盖并不直接导致合同无效。
合同效力认定：
- 公章代表公司意志，法人章则体现法定代表人身份与权限。两者重叠加盖时，若仍能清晰辨认出各自印章的真实性，通常可视为公司和法定代表人均已确认合同内容，不影响合同效力的认定。然而，这要求印章的重叠程度不能过高，以至于无法区分各自的完整性。
实际操作中的风险与建议
识别困难：
- 重叠盖章可能导致印章内容模糊，难以清晰区分公章与法人章的具体细节，进而影响合同的有效性和执行力。特别是在进行印章真伪鉴定时，重叠的印章可能会给鉴定机构带来困难，影响对印章细节的判断。
增加法律风险：
- 重叠盖章可能给合同双方或第三方造成困惑，不明确印章所代表的具体主体和权限范围，从而引发不必要的法律纠纷。例如，在合同履行过程中，如果因印章重叠导致对合同主体的认定产生争议，可能会影响合同的顺利履行。
建议措施：
- 分开加盖：为了维护合同的严肃性、有效性和双方权益，建议在签订合同时，公章与法人章应分别加盖在合同的不同位置或页面上，确保各自独立、清晰可辨。
- 规范操作：加盖印章时应遵循清晰、规范的原则，确保印章的完整性和真实性。这有助于更好地证明合同的真实性和有效性，减少因印章问题引发的法律纠纷。
特殊情况下的处理
- 如果确实需要重叠使用两枚印章（尽管不推荐），应确保重叠程度不会影响印章的清晰度和可辨认性。同时，建议在合同中明确说明印章重叠的情况，以避免未来可能出现的争议。
总结：虽然法律上并未明确禁止合同章和法人章的重叠加盖，但考虑到实际操作中的风险和潜在的法律纠纷，建议在实际操作中分开加盖。如果你在合同签订过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。