结论：敲诈勒索5万元，即便有协议，仍然有可能立案。是否立案，关键在于协议的性质、内容以及双方的行为是否符合敲诈勒索的构成要件。

分析：

1. 敲诈勒索的构成要件：

   • 敲诈勒索罪是指以非法占有为目的，对被害人使用实施恐吓、威胁或要挟的方法，非法占用被害人公私财物，从而构成犯罪。
   • 在本案例中，若协议是在一方以威胁、恐吓等不正当手段迫使另一方签订，且协议内容涉及非法占有对方财物，那么该协议可能被视为敲诈勒索的一部分。

2. 协议的性质与内容：

   • 如果协议是双方自愿、平等、公平的基础上签订的，且内容合法，那么该协议通常不会被视为敲诈勒索的证据。
   • 然而，如果协议是在一方利用优势地位或对方处于困境时签订的，且协议内容明显不公平，甚至涉及非法要求，那么该协议可能被视为敲诈勒索的产物。

3. 立案的可能性：

   • 即便存在协议，如果警方或检察机关认为该协议是敲诈勒索的结果，且符合敲诈勒索的构成要件，那么他们仍然有权立案调查。
   • 立案的关键在于证据的收集和审查。如果警方能够收集到足够的证据证明敲诈勒索行为的存在，那么案件就有可能被立案。

4. 法律建议：

   • 如果你或他人涉及此类情况，建议立即咨询专业律师，以便对协议的性质、内容以及可能涉及的法律责任进行全面评估。
   • 律师将能够根据具体情况提供法律建议，包括如何应对警方的调查、如何保护自己的合法权益等。

可能后果：

• 如果被认定构成敲诈勒索罪，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能会面临有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金的刑罚。
• 刑罚的具体幅度将取决于敲诈勒索的数额、情节严重程度以及被告人的认罪态度等因素。

进一步思考：

• 在签订任何协议时，都应确保协议的合法性、公平性和自愿性，以避免涉及法律纠纷。
• 如果遇到可疑情况或对方使用不正当手段迫使签订协议，应立即寻求法律帮助，以保护自己的合法权益。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。