股权转让中，备案合同与不备案合同的效力需分情况讨论，备案与否本身不直接决定合同效力，但可能影响合同履行及对抗第三人效力。具体分析如下：
合同效力与备案的关系
根据《民法典》及《公司法》相关规定，股权转让合同自成立时生效（双方意思表示真实、不违反法律强制性规定即有效），备案并非合同生效的法定要件。即使未办理工商备案，只要合同本身合法有效，双方仍需按约定履行义务（如支付转让款、办理股权变更登记等）。
例外情形：若合同中明确约定“以备案为生效条件”，则未备案可能导致合同未生效，但此类约定需双方明确意思表示，否则不当然适用。
备案对合同履行的影响
- 对内效力：备案与否不影响股权转让合同在转让方与受让方之间的效力，双方仍可依据合同主张权利（如要求支付价款、承担违约责任等）。
- 对外效力：根据《公司法》及《市场主体登记管理条例》，股权转让需办理工商变更登记（含备案），未备案可能导致：
- 无法对抗善意第三人：若受让方未备案，转让方再次将股权转让给第三人并完成备案，第三人可能因善意取得制度获得股权；
- 影响股权行使：未备案可能导致受让方难以以股东身份参与公司管理（如行使表决权、分红权等），需通过诉讼确认股东资格后再办理备案。
实务建议
- 优先办理备案：为降低法律风险，建议在股权转让合同签订后及时办理工商备案，确保受让方股东资格的公示效力；
- 合同条款设计：在合同中明确约定备案义务及违约责任（如“转让方应在XX日内配合办理备案，逾期每日按转让款万分之X支付违约金”），以督促双方履行义务；
- 风险防范：若对方拒绝备案，可依据合同约定主张违约责任，或通过诉讼要求继续履行（如强制办理备案），同时可申请财产保全防止股权被再次转让。
总结：备案与否不影响股权转让合同本身的效力，但未备案可能引发履行障碍及对外对抗风险。建议根据交易需求在合同中明确备案条款，并及时完成备案手续。如有具体案件或合同条款需进一步分析，可直接向我咨询。