结论：在永久基本农田上进行暗涵建设一般是不被允许的，这主要涉及到对永久基本农田的保护以及相关法律法规的严格规定。
法律背景与解释：
永久基本农田的保护原则：
- 永久基本农田是国家的战略资源，受到严格的法律保护。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，永久基本农田主要用于粮食生产，任何单位和个人不得擅自占用或者改变其用途。
暗涵建设的性质与影响：
- 暗涵建设通常涉及到地下管道或渠道的铺设，这可能会对农田的土壤结构、排水系统以及农作物生长环境造成影响。特别是在永久基本农田上，这种影响可能更为显著，因为农田的土壤和排水系统对于粮食生产至关重要。
相关法律法规的禁止性规定：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第三十五条：“永久基本农田经依法划定后，任何单位和个人不得擅自占用或者改变其用途。国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目选址确实难以避让永久基本农田，涉及农用地转用或者土地征收的，必须经国务院批准。”
- 这意味着，除非是国家重点建设项目且确实难以避让永久基本农田，否则任何单位和个人都不得在永久基本农田上进行建设活动，包括暗涵建设。
法律建议与后果：
法律建议：
- 如果您计划在农田上进行任何建设活动，特别是涉及到永久基本农田的，我强烈建议您先咨询当地土地管理部门或相关法律机构，了解具体的法律法规和政策要求。
- 在获得必要的批准和许可之前，不要擅自进行建设活动，以免面临法律责任和处罚。
可能的法律后果：
- 如果未经批准擅自在永久基本农田上进行暗涵建设，可能会面临土地管理部门的处罚，包括罚款、责令恢复原状等。
- 在严重情况下，还可能涉及刑事责任，如非法占用农用地罪等。
特殊情况说明：
- 如果确实存在国家重点建设项目且确实难以避让永久基本农田的情况，那么需要按照法定程序进行农用地转用或者土地征收的申请和审批。这一过程需要严格的评估和论证，以确保建设活动的必要性和合理性，并尽可能减少对永久基本农田的影响。
总结与进一步思考：
- 永久基本农田的保护是国家的重要战略任务，任何单位和个人都应当严格遵守相关法律法规和政策要求。
- 如果您对农田建设活动有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。我将根据您的具体情况和需求，提供全面、准确的法律建议和帮助。