结论：承包土地申请不动产证时，原承包合同一般需要留在自然资源局存档，不能随意取回，但具体是否必须留存及能否取回可能因地区政策或具体办理流程而有所差异。
分析说明：
从法律程序角度：
- 在申请不动产证的过程中，自然资源局作为办理机构，需要审核并留存相关的权属证明文件，以确保不动产登记的准确性和合法性。原承包合同作为证明土地承包权的重要文件，通常会被要求留存作为审核依据。
- 根据《不动产登记暂行条例》及相关实施细则，申请不动产登记需要提交一系列材料，包括但不限于权属证明、身份证明等。虽然这些法规并未直接规定原承包合同必须留存，但实际操作中，为了确保登记的顺利进行，自然资源局往往会要求留存相关合同。
从地区政策角度：
- 不同地区可能根据当地实际情况制定了具体的办理流程和要求。有些地区可能明确规定原承包合同需要留存，而有些地区则可能允许在提交复印件或经过公证的副本后取回原件。
- 因此，在具体操作时，建议咨询当地自然资源局或相关部门，了解具体的政策要求和办理流程。
从实际操作角度：
- 即使原承包合同需要留存，自然资源局在办理完不动产证后，也通常会提供一份加盖公章的复印件或出具相关证明，以证明原合同的留存情况。
- 如果确实需要取回原承包合同，可以尝试与自然资源局沟通，了解是否可以通过提供其他替代材料或经过特定程序后取回。
特殊场景：
- 如果原承包合同存在争议或纠纷，自然资源局可能会更加谨慎地处理该合同的留存问题，以确保在纠纷解决前相关证据的完整性。
- 在某些特殊情况下，如合同遗失、损坏等，可能需要通过法律程序或相关部门出具证明来替代原合同进行不动产登记。
建议行动：
- 在申请不动产证前，先咨询当地自然资源局或相关部门，了解具体的政策要求和办理流程。
- 准备好所有需要的材料，包括原承包合同的复印件或经过公证的副本（如果允许的话）。
- 如果确实需要取回原承包合同，可以与自然资源局沟通并了解相关程序和要求。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。