结论：承包人用公户转法人私户并备注运输费支出，这种做法存在较大的法律风险和税务风险，不建议这样做。以下从法律和税务两个角度进行详细分析：

法律角度

1. 资金用途的合法性

   • 如果该笔资金确实用于支付运输费用，且运输服务是公司业务的一部分，那么从业务实质上看，这笔支出是合理的。但是，将公司资金直接转入法人个人账户，可能违反公司财务制度和资金管理规定。公司资金应当通过正规的财务流程进行支付，以确保资金的安全和合规使用。
   • 如果该笔资金并非用于运输费用，而是被法人挪作他用，如个人消费、投资等，那么这种行为可能构成挪用资金罪，根据《中华人民共和国刑法》第二百七十二条的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。

2. 公司财产与个人财产的区分

   • 公司具有独立的法人财产权，公司的资金应当与公司股东、法人的个人财产相区分。将公司资金转入法人个人账户，可能模糊公司财产与个人财产的界限，损害公司债权人的利益。在极端情况下，如果公司破产或面临债务纠纷，这种行为可能导致法人承担个人连带责任。

税务角度

1. 税务合规性

   • 公司支付运输费用，应当取得合法有效的发票作为税前扣除凭证。如果将资金直接转入法人个人账户，可能无法取得合规的发票，导致公司无法在税前扣除该笔费用，从而增加公司的税务负担。
   • 此外，如果税务机关认为该笔资金属于法人个人的收入，而非公司的运输费用支出，那么法人可能需要就这笔资金缴纳个人所得税，这也会增加法人的税务负担。

2. 税务风险

   • 将公司资金转入法人个人账户，可能被税务机关视为公司隐瞒收入、偷逃税款的行为。一旦被税务机关查实，公司可能面临补缴税款、滞纳金、罚款等税务处罚，甚至可能涉及刑事责任。

建议

1. 规范财务流程

   • 公司应当建立规范的财务流程，确保公司资金的支付和使用符合法律法规和公司章程的规定。对于运输费用等业务支出，应当通过公司账户进行支付，并取得合法有效的发票作为税前扣除凭证。

2. 加强内部管理

   • 公司应当加强内部管理，明确公司财产与个人财产的界限，防止法人或其他员工挪用公司资金。同时，公司应当定期对财务状况进行审计和检查，确保公司资金的合规使用。

3. 咨询专业意见

   • 如果公司对财务或税务问题存在疑问或不确定的地方，应当及时咨询专业的财务或税务顾问的意见，以确保公司业务的合规性和税务的合规性。

总之，承包人用公户转法人私户并备注运输费支出的做法存在较大的法律风险和税务风险。为了确保公司业务的合规性和税务的合规性，建议公司规范财务流程、加强内部管理，并在必要时咨询专业的财务或税务顾问的意见。如有其他疑问，欢迎继续向我咨询。