结论：离职时饭卡内余额超过5000元能否退全额及如何退，主要取决于公司规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同约定
公司规章制度：
- 许多公司会在员工手册或相关规章制度中明确规定离职时饭卡余额的处理方式。如果公司规定离职时饭卡余额可以全额退还，那么员工有权要求公司按照此规定执行。
- 如果公司规章制度中未明确规定或规定不明确，则需要参考劳动合同中的相关条款。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的重要文件。如果劳动合同中明确规定了离职时饭卡余额的处理方式，如全额退还、部分退还或不予退还等，那么双方应按照合同约定执行。
- 如果劳动合同中未提及饭卡余额的处理方式，则需要参考公司规章制度或相关法律法规。
二、相关法律法规
《中华人民共和国劳动法》及相关规定：
- 虽然《中华人民共和国劳动法》及其相关规定并未直接涉及离职时饭卡余额的处理问题，但劳动法强调保护劳动者的合法权益，包括财产权。
- 如果公司规章制度或劳动合同中的规定违反了劳动法的原则或精神，如无故克扣员工财产等，那么这些规定可能被视为无效。
地方性法规或政策：
- 某些地区可能出台了关于员工福利、补贴等具体问题的地方性法规或政策。如果这些法规或政策对离职时饭卡余额的处理有明确规定，那么应优先适用这些规定。
三、实际操作建议
与公司协商：
- 如果公司规章制度或劳动合同中未明确规定离职时饭卡余额的处理方式，建议员工首先与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
了解公司流程：
- 在离职前，员工应了解公司关于饭卡余额退还的具体流程和要求，如是否需要填写申请表、提供哪些证明材料等。
保留证据：
- 员工应保留好饭卡、消费记录等相关证据，以便在需要时证明自己的权益。
寻求法律援助：
- 如果与公司协商无果，且员工认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。
四、特殊情况说明
如果饭卡余额属于公司福利性质：
- 有些公司可能将饭卡余额作为员工福利的一部分，离职时可能不予退还或只退还部分。这种情况下，员工需要了解公司福利政策的具体内容，并评估自己的权益是否受到侵害。
如果饭卡余额涉及违法或违规行为：
- 如果员工通过非法手段获取饭卡余额或公司存在违法违规行为导致饭卡余额异常，那么离职时饭卡余额的处理可能涉及法律责任问题。这种情况下，员工应咨询专业律师以了解自己的法律责任和权益。
总结：离职时饭卡内余额超过5000元能否退全额及如何退，并没有一个统一的答案。它取决于公司规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规的规定。因此，建议员工在离职前仔细阅读公司规章制度和劳动合同中的相关条款，并了解相关法律法规的规定。如有任何疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。