结论：公司长期安排31岁女性单独上夜班是否合法，需结合具体情况判断，主要涉及劳动法中关于工作时间、休息休假以及女职工特殊保护的规定。以下从不同角度进行分析：

一、从工作时间与休息休假角度分析

根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。同时，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。如果公司安排女性员工单独上夜班，但总工作时间未超过法定标准，且保证了员工每周至少一天的休息时间，那么从工作时间与休息休假的角度来看，这种安排并不违法。

然而，如果公司长期安排女性员工单独上夜班，导致员工的工作时间超过法定标准，或者未能保证员工每周至少一天的休息时间，那么这种安排就违反了劳动法的规定，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

二、从女职工特殊保护角度分析

根据《中华人民共和国劳动法》以及《女职工劳动保护特别规定》等法律法规，女职工在经期、孕期、产期、哺乳期等特殊时期享有特殊的劳动保护。虽然这些规定并未直接禁止女职工上夜班，但要求用人单位在安排女职工工作时，应充分考虑其生理特点，避免安排其从事国家规定的第三级体力劳动强度的劳动和孕期禁忌从事的劳动，且对怀孕7个月以上的女职工，不得安排其延长工作时间和夜班劳动。

对于31岁的女性员工，如果她处于孕期、产期或哺乳期等特殊时期，公司长期安排其单独上夜班可能违反了女职工特殊保护的规定。即使她不处于这些特殊时期，公司也应考虑其生理特点，合理安排工作时间和任务，避免过度劳累和潜在的健康风险。

三、从安全保障角度分析

除了考虑工作时间和女职工特殊保护外，公司还应考虑员工上夜班时的安全保障问题。如果公司长期安排女性员工单独上夜班，且未能提供足够的安全保障措施（如安全巡逻、紧急报警装置等），那么这种安排可能存在安全隐患，违反了用人单位对员工的安全保障义务。

法律建议

1. 与公司沟通：如果女性员工认为公司安排其单独上夜班不合法或不合理，可以首先与公司进行沟通，表达自己的诉求和担忧，寻求合理的解决方案。
2. 收集证据：如果沟通无果，员工可以收集相关证据（如工作时间记录、工作安排通知、安全保障措施情况等），以备后续维权之需。
3. 申请劳动仲裁或投诉：如果公司安排确实违反了劳动法的规定，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

最后，每个具体情况都可能有所不同，如果女性员工对公司安排其单独上夜班有疑问或担忧，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议。