结论：民事案件超过再审期限，但确有错误且有新证据的，一般情况下不能直接申请再审，不过存在例外情形，即符合特定条件时，可通过人民检察院提出检察建议或者抗诉的方式寻求救济。
详细分析：
一般规定：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人申请再审，应当在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出。这一期限是法定的，旨在保障司法裁判的稳定性和权威性。
- 如果超过了这个期限，原则上当事人就失去了直接申请再审的权利。这是因为，司法裁判一旦生效，就应当具有终局性，以维护法律秩序的稳定。
例外情形：
- 尽管有上述一般规定，但法律也规定了例外情形。根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百一十六条：“有下列情形之一的，当事人可以向人民检察院申请检察建议或者抗诉：（一）人民法院驳回再审申请的；（二）人民法院逾期未对再审申请作出裁定的；（三）再审判决、裁定有明显错误的。人民检察院对当事人的申请应当在三个月内进行审查，作出提出或者不予提出检察建议或者抗诉的决定。当事人不得再次向人民检察院申请检察建议或者抗诉。”
- 特别说明：虽然该条款未直接提及“超过再审期限且有新证据”的情况，但“再审判决、裁定有明显错误的”这一表述，为存在新证据且能证明原判决、裁定错误的情况留下了救济空间。如果新证据足以证明原判决、裁定存在明显错误，且符合其他相关条件（如已向人民法院申请再审并被驳回或逾期未裁定等），当事人可以向人民检察院申请检察建议或者抗诉。
实践操作：
- 在实际操作中，如果当事人认为民事案件超过再审期限但确有错误且有新证据，首先应当尝试向人民法院申请再审，尽管可能面临期限已过的问题，但这是启动救济程序的第一步。
- 如果人民法院驳回再审申请或逾期未裁定，当事人可以收集并整理新证据，准备充分的材料，向人民检察院申请检察建议或者抗诉。
- 人民检察院在审查过程中，会综合考虑新证据的证明力、原判决、裁定的错误程度以及当事人的合法权益保护等因素，作出是否提出检察建议或者抗诉的决定。
建议：
- 如果你面临这样的情况，建议尽快收集并整理新证据，确保新证据的合法性、真实性和关联性。
- 同时，咨询专业律师（即我，邹洁律师，专注于医疗事故赔偿、医疗事故鉴定、医疗损害、医疗纠纷、合同纠纷、法律顾问领域），了解具体的法律程序和操作要点，以便更好地维护自己的合法权益。
- 在申请再审或向人民检察院申请检察建议、抗诉的过程中，保持耐心和理性，积极配合相关部门的调查和审查工作。