行政部门对于企业的整改通知书，企业是可以申请行政复议的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、行政复议的适用范围
根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益的，有权向行政复议机关提出行政复议申请。这里的“具体行政行为”包括行政处罚、行政强制措施、行政许可、行政确认、行政征收、行政征用、行政给付、行政裁决、行政合同以及法律、法规、规章规定的其他具体行政行为。整改通知书作为行政部门对企业作出的具体行政行为，若企业认为其侵犯了自身的合法权益，自然有权申请行政复议。
二、整改通知书的性质
整改通知书通常是行政部门在发现企业存在违法行为或不符合相关法规要求时，要求企业限期进行整改的通知。虽然整改通知书本身可能并不直接设定企业的权利义务，但它往往是企业后续可能面临行政处罚的前置程序或相关依据。因此，如果企业认为整改通知书的内容不合法、不合理或存在其他侵犯其合法权益的情形，可以通过行政复议途径进行救济。
三、行政复议的申请条件与程序
申请条件：企业申请行政复议，需要满足以下条件：一是认为具体行政行为侵犯了其合法权益；二是该具体行政行为属于行政复议的受理范围；三是在法定期限内提出申请。
申请程序：企业应当向有管辖权的行政复议机关提出书面申请，并提交相关证据材料。行政复议机关在收到申请后，会进行审查并决定是否受理。如果受理，行政复议机关将依法进行审理，并作出行政复议决定。
四、行政复议的效力与后续行动
行政复议的效力：行政复议决定具有法律效力，对申请人和被申请人均具有约束力。如果企业对行政复议决定不服，还可以依法向人民法院提起行政诉讼。
后续行动建议：企业在收到整改通知书后，如果认为其内容存在问题或侵犯了自身权益，除了申请行政复议外，还可以考虑与行政部门进行沟通协商，寻求和解或调解的可能性。同时，企业也应当积极配合行政部门的整改要求，避免因不配合而引发更严重的法律后果。
总结与建议：行政部门对于企业的整改通知书，企业是有权申请行政复议的。在申请行政复议前，企业应当仔细审查整改通知书的内容，评估其合法性和合理性，并准备好相关证据材料。如果企业决定申请行政复议，应当按照法定程序和要求进行申请，并积极配合行政复议机关的审理工作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。