工程结束后款未付清，建议通过以下方式处理，核心在于通过书面形式固定债权并保留追索权利：

1. 优先通过《催款函》正式主张权利
   需明确写明：

   • 双方主体信息（发包方、承包方全称及统一社会信用代码）；
     
   • 工程名称、地点、合同编号及签订日期；
     
   • 合同总价款、已支付金额、未支付金额（需附结算单作为附件）；
     
   • 付款期限（如“请于收到本函后7日内支付”）；
     
   • 逾期付款的违约责任（如“按日万分之五支付违约金”）；
     
   • 明确送达方式（建议通过EMS邮寄，留存邮寄凭证）。
     法律依据：根据《民法典》第577条，当事人一方不履行合同义务，应承担继续履行、赔偿损失等违约责任。催款函可中断诉讼时效，并作为后续诉讼的证据。

2. 若催款无果，立即启动诉讼或仲裁程序

   • 诉讼准备：
     
     • 收集证据：合同、验收单、结算单、催款记录、施工过程中的往来函件等；
       
     • 确定管辖法院：通常为工程所在地或被告住所地法院；
       
     • 申请财产保全：防止发包方转移资产，确保判决后能执行到位。
       
   • 仲裁准备（若合同约定仲裁条款）：
     
     • 向约定的仲裁机构提交仲裁申请书及证据材料；
       
     • 仲裁程序相对灵活，但裁决具有终局性。
       风险提示：若超过3年诉讼时效（自应付款之日起算），可能丧失胜诉权，需特别注意时效中断事由（如催款、协商等）。

3. 特殊情形处理

   • 发包方以质量为由拒付：若工程已验收合格，发包方不得以质量为由拒付；若未验收，需先通过质量鉴定确定责任。
     
   • 发包方破产：立即申报债权，并关注破产管理人公告，参与债权人会议。
     
   • 无书面合同：尽量通过施工过程中的签证单、会议纪要、付款记录等证据证明事实合同关系。

建议行动步骤：

1. 立即整理所有与工程相关的书面材料；
   
2. 发送《催款函》并留存送达证据；
   
3. 若7日内未回应，委托律师起草《律师函》进一步施压；
   
4. 同步准备诉讼/仲裁材料，避免时效问题。
   

如有具体合同或证据材料，可进一步向我咨询，我会帮您分析证据链的完整性及诉讼策略。