在投诉阶段被判定中标无效，但中标单位已施工的情况下，可按以下步骤处理：

1. 立即停止施工并固定证据
   根据《招标投标法》第四十六条，中标通知书发出后，招标人与中标人应在30日内签订书面合同。若中标被判定无效，合同自始无效（依据《民法典》第一百五十五条）。此时应：

   • 书面通知施工方停工，避免损失扩大（否则可能承担《民法典》第五百九十一条规定的“未采取减损措施”责任）；
     
   • 固定现场证据（如施工进度照片、视频、材料采购单据等），为后续索赔或责任划分提供依据。

2. 核查中标无效的法定事由
   中标无效的常见情形包括（《招标投标法》第五十二-五十七条）：

   • 招标代理机构泄露信息、串通投标；
     
   • 投标人以他人名义投标或弄虚作假；
     
   • 招标人违规谈判或透露标底；
     
   • 投标人相互串通或向招标人行贿。
     若因招标人过错导致无效（如未依法公示中标结果），招标人需赔偿施工方实际损失（《民法典》第一百五十七条）；
     若因施工方过错导致无效（如伪造资质），施工方需自行承担损失，且可能面临行政处罚。

3. 分情况处理已施工部分

   • 若工程未验收：
     招标人可要求施工方拆除已施工部分并恢复原状，但需补偿合理成本（如材料费、人工费，但不含利润）；
     若施工方拒绝，招标人可起诉要求返还财产（《民法典》第二百三十五条）。
     
   • 若工程已验收且合格：
     根据《民法典》第七百九十三条，施工方可参照合同关于工程价款的约定折价补偿，但需扣除利润部分。
     
   • 若工程存在质量问题：
     招标人可要求施工方承担修复费用或赔偿损失（《民法典》第八百零一条）。

4. 启动行政投诉或诉讼程序

   • 向行政监督部门投诉：
     依据《招标投标法》第六十五条，向项目所在地的县级以上地方人民政府发展改革部门或行业主管部门投诉，要求确认中标无效并处罚违规方。
     
   • 提起民事诉讼：
     若行政程序无法解决争议，可起诉要求：
     
     • 确认合同无效；
       
     • 返还财产或折价补偿；
       
     • 赔偿损失（如工期延误导致的第三方索赔）。

5. 预防后续风险

   • 重新招标：若项目需继续推进，应依法重新组织招标，避免“直接指定原施工方”等违规操作；
     
   • 完善合同条款：在后续合同中明确“中标无效的处理方式”，如约定违约金、损失计算方法等。

关键提醒：处理此类纠纷需兼顾法律程序与实际损失控制，建议优先通过协商或行政途径解决，以降低诉讼成本。若涉及复杂责任划分或大额赔偿，可进一步向我提供具体细节（如中标无效原因、施工进度、合同条款等），我会协助制定针对性方案。