结论：工程质保金的退还方式是否按照一年后退还百分之五十、两年到期退还全部质保金，主要取决于双方签订的合同中的具体约定。若合同中有明确约定，则按照合同约定执行；若合同中没有明确约定，则需依据相关法律法规及行业惯例进行协商或诉讼解决。
详细分析：
合同约定优先：
- 在建设工程领域，质保金的退还方式通常会在合同中明确约定。如果合同中明确规定了“工程质保两年，可按一年后退还百分之五十，两年到期退还全部质保金”，那么双方应当严格按照合同约定执行。
- 合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。因此，在合同有明确约定的情况下，质保金的退还方式应遵循合同条款。
合同无约定或约定不明：
- 如果合同中没有明确约定质保金的退还方式，或者约定不明导致双方产生争议，那么就需要依据相关法律法规及行业惯例进行协商或诉讼解决。
- 在这种情况下，双方可以首先尝试通过协商达成一致意见，明确质保金的退还方式和时间。如果协商无果，则可以向法院提起诉讼，由法院根据相关法律法规和案件事实进行裁决。
相关法律法规及行业惯例：
- 虽然具体的质保金退还方式可能因合同而异，但相关法律法规和行业惯例也提供了一定的参考。例如，一些地方性法规或行业规范可能对质保金的退还比例、时间等有所规定。
- 在处理质保金退还问题时，除了考虑合同约定外，还应关注相关法律法规和行业惯例的要求，以确保处理方式的合法性和合理性。
法律建议：
- 审查合同条款：首先，应仔细审查双方签订的合同，明确合同中关于质保金退还的具体约定。
- 协商解决：如果合同中没有明确约定或约定不明，建议双方首先尝试通过协商达成一致意见，明确质保金的退还方式和时间。
- 诉讼解决：如果协商无果，且双方对质保金的退还问题存在较大争议，可以考虑向法院提起诉讼，由法院根据相关法律法规和案件事实进行裁决。
示例说明：
假设某建设工程合同中明确约定：“工程质保期为两年，质保金总额为工程总造价的5%。质保期满一年后，退还质保金的50%；质保期满两年后，退还剩余的50%质保金。”那么，在质保期满一年后，发包方应按照合同约定退还承包方2.5%的工程总造价作为质保金；质保期满两年后，再退还剩余的2.5%。
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