抚养费判决生效后两年再申请执行，一般情况下是有效的，但存在特殊情形可能导致执行申请被驳回或面临其他障碍。具体分析如下：

1. 一般情况下的有效性
   根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百四十六条的规定，申请执行的期间为二年，该期间从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；若法律文书规定分期履行的，则从最后一期履行期限届满之日起计算。若判决中明确规定了抚养费的支付期限（如按月支付至子女成年），且申请执行时未超过最后一期履行期限届满后的两年，则申请执行有效。
   例如：判决要求被告每月支付抚养费1000元至子女18周岁，若子女现年16周岁，则最后一期履行期限为子女18周岁生日当月，此时申请执行未超过两年期限，法院应受理。

2. 特殊情形下的风险

   • 超过两年申请执行期限：若从最后一期履行期限届满之日起计算，已超过两年，且被执行人提出异议，法院将裁定不予执行。但需注意：若被执行人未提出异议，法院可能仍会受理并执行（实践中存在争议，建议尽早申请）。
     
   • 部分履行后的期限计算：若被执行人已履行部分义务（如支付了部分月份的抚养费），但未完全履行，申请执行期限应从最后一期未履行义务的履行期限届满之日起计算，而非从首次违约之日起计算。
     
   • 时效中断与延长：若在两年期限内，权利人曾向被执行人主张权利（如催告支付）、被执行人同意履行义务，或存在其他法定中断事由（如不可抗力），申请执行期限可重新计算或延长。但需提供证据证明中断事由的存在。

3. 实务建议

   • 及时申请执行：为避免期限风险，建议在判决生效后尽快申请执行，尤其是当被执行人未主动履行时。
     
   • 保留证据：若存在时效中断情形（如催告记录、被执行人承诺付款的书面材料等），务必妥善保存，以备申请执行时提交法院。
     
   • 咨询专业律师：若对期限计算或执行程序存在疑问，可进一步向我咨询，我将结合具体案情提供详细指导。

总结：抚养费判决生效后两年再申请执行是否有效，需结合判决内容、履行情况及期限中断事由综合判断。建议尽早行动，避免因期限问题影响权益实现。