公司与公司签订协议不盖公章，其有效性并非绝对，而是需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

合同有效的情况

1. 有法定代表人或其授权代表签字

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法人或非法人组织的法定代表人、负责人超越权限订立的合同，除相对人知道或应当知道其超越权限外，该代表行为有效。因此，即便合同未加盖公章，但只要有公司法定代表人的签字，或持有公司明确授权的代表签字，该合同即视为公司的真实意思表示，具有法律效力。
   • 例子：A公司与B公司签订了一份合作协议，协议上只有A公司法定代表人的签字，没有加盖公章。但由于法定代表人的签字代表了公司的意志，因此该协议仍然有效。

2. 已实际履行合同义务

   • 《中华人民共和国民法典》第四百九十条明确规定：“当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。”如果合同虽未盖章也未有法定代表人或授权代表的签字，但一方当事人已经实际履行了合同的主要义务，并且另一方也予以承认和接受，那么该合同同样成立并生效。
   • 例子：C公司与D公司签订了一份采购合同，合同未加盖公章。但C公司已经按照合同约定向D公司交付了货物，D公司也接受了货物并支付了货款。在这种情况下，即使合同未盖章，也因实际履行行为而产生了法律效力。

合同无效或效力待定的情况

1. 合同既无盖章也无签字或实际履行行为

   • 若合同既没有加盖公章，也没有公司法定代表人和对方当事人的签字或手印，且双方当事人也未实际履行合同义务，那么该合同在形式上存在明显瑕疵，可能无法被认定为有效合同。在此情况下，若发生纠纷，法院可能会认为合同未成立或无效。

2. 存在特殊约定或法律限制

   • 如果双方在合同中明确约定了“签字盖章后生效”或类似条款，但实际上只有签字没有盖章，那么需要根据具体情况来判断合同是否生效。如果一方能够证明对方已经接受了合同的主要义务（如付款、交货等），那么可以认为合同已经成立并生效。但如果无法证明，且对方否认合同效力，则合同可能无效或效力待定。
   • 例子：E公司与F公司签订了一份技术合作协议，协议中明确约定“本协议自双方签字并加盖公章之日起生效”。但协议签订后，E公司只签了字没有加盖公章，F公司也未提出异议并实际履行了部分义务。在这种情况下，如果E公司能够证明F公司已经接受了其履行的主要义务，那么合同可能被视为有效；但如果无法证明，则合同可能无效或效力待定。

法律建议

1. 完善合同形式：为了避免不必要的纠纷和风险，建议在签订合同时尽量完善合同的形式要件，如加盖公章、由法定代表人或授权代表签字等。这有助于明确双方的权利义务关系，减少争议的发生。

2. 明确约定生效条件：如果双方对合同的生效条件有特殊要求，应在合同中明确约定。例如，可以约定“本协议自双方签字并加盖公章之日起生效”或“本协议自一方履行主要义务且对方接受之日起生效”等条款。这有助于避免因生效条件不明确而产生的争议。

3. 保留相关证据：在合同履行过程中，应妥善保管好与合同相关的证据材料，如邮件往来记录、聊天记录、付款凭证等。这些证据材料在发生争议时能够提供有力的支持，有助于维护自身的合法权益。

4. 及时咨询法律意见：如果对合同的效力存在疑问或争议，建议及时咨询专业的律师以获取准确的法律意见和帮助。律师能够根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助解决争议并维护合法权益。

综上所述，公司与公司签订协议不盖公章的有效性需根据具体情况来判断。在签订合同时，应尽量完善合同形式要件并明确约定生效条件；在合同履行过程中，应保留好相关证据材料并及时咨询法律意见以维护自身权益。