在违法所得无法计算的情况下，行政机关通常会根据违法行为的具体情节、危害后果等因素，依法作出合理的处罚决定，常见做法包括直接责令改正并处以罚款，或参考其他因素确定没收数额。具体分析如下：

1. 直接责令改正并处以罚款
   根据《行政处罚法》第二十八条，行政机关实施行政处罚时，应当责令当事人改正或限期改正违法行为。若违法所得确实无法计算（如未建立财务账目、交易记录灭失等），行政机关可能直接依据《行政处罚法》及具体行业法规（如《市场监督管理行政处罚程序规定》《价格违法行为行政处罚规定》等），责令改正违法行为，并处以法定幅度的罚款。例如，市场监管领域对价格违法行为，若违法所得无法计算，可处违法所得5倍以下的罚款（无违法所得时按具体情形处罚）。

2. 参考其他因素确定没收数额
   若法律明确规定“没收违法所得”为必选处罚方式，且违法所得无法计算时，行政机关可能通过以下方式合理确定数额：

   • 推定违法所得：结合行业平均利润率、当事人过往经营数据、同类案件处理标准等，估算违法所得范围；
     
   • 以违法投入替代：将当事人用于违法行为的资金、设备等投入作为没收依据；
     
   • 直接没收非法财物：若违法行为涉及特定财物（如假冒商品、违禁物品），可直接没收该财物。
     例如：在非法经营案件中，若当事人未记账导致违法所得无法计算，行政机关可能根据其采购成本、销售数量及市场价格，推算违法所得并予以没收。

3. 从轻或减轻处罚的考量
   若当事人能证明违法所得确实低于行政机关推算的数额，或存在主动消除危害后果等情节，可依据《行政处罚法》第三十二条申请从轻、减轻处罚。行政机关需综合全案证据，在法定幅度内调整处罚力度。

建议：若您面临此类情况，需积极配合行政机关调查，提供成本、费用等证据以证明实际违法所得或争取从轻处罚；同时可要求行政机关出具书面说明，明确没收数额的计算依据。如对处罚决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。