若工程竣工投运后抽检不合格，需根据不合格原因、合同约定及法律规定，分情况采取整改、索赔、解除合同或追究法律责任等措施。具体分析如下：

1. 立即整改并复检
   根据《建设工程质量管理条例》第五十八条，若抽检不合格因施工质量问题导致，建设单位应要求施工单位立即整改，直至复检合格。整改费用由责任方承担（通常是施工单位，但需结合合同约定判断）。若因材料、设备问题导致不合格，需更换合格材料/设备并重新验收。

2. 依据合同追究违约责任
   若合同明确约定“竣工后抽检不合格视为违约”，建设单位可依据《民法典》第五百七十七条，要求施工单位承担违约责任，包括但不限于：

   • 支付违约金（合同有约定时）；
     
   • 赔偿因整改导致的工期延误损失、运营中断损失等；
     
   • 若质量问题严重（如影响结构安全），可要求解除合同并索赔全部损失。

3. 分清责任主体

   • 施工单位责任：若不合格因施工工艺、偷工减料等导致，施工单位需无条件整改并承担费用；
     
   • 设计单位责任：若因设计缺陷导致不合格（如荷载计算错误），建设单位可依据《民法典》第八百条，要求设计单位修改设计并赔偿损失；
     
   • 监理单位责任：若监理未履行监督职责导致质量问题，建设单位可依据《建设工程质量管理条例》第六十七条，要求监理单位承担相应赔偿责任。

4. 行政处罚与信用惩戒
   若抽检不合格涉及重大安全隐患（如消防、环保不达标），建设单位需向住建部门报告，施工单位可能面临：

   • 责令整改并处工程合同价款2%-4%的罚款（《建设工程质量管理条例》第五十八条）；
     
   • 列入“严重失信主体名单”，影响后续投标资格（《建筑市场信用管理暂行办法》第十五条）。

5. 诉讼或仲裁解决争议
   若各方对责任划分、赔偿金额存在争议，可依据合同中的争议解决条款（如仲裁协议或诉讼管辖约定），通过法律途径解决。建议提前固定证据（如抽检报告、整改通知、沟通记录等）。

行动建议：

1. 立即委托第三方检测机构复检，明确不合格范围及原因；
   
2. 审查合同条款，确定责任主体及赔偿标准；
   
3. 书面通知责任方限期整改，并留存送达证据；
   
4. 若协商无果，及时启动法律程序，避免超过诉讼时效（通常为3年）。
   

如有具体合同条款或检测报告需要分析，可直接向我提供详细信息，我会进一步协助。