发票和资金一致但合同不一致，这种情况可能涉及多种法律问题，具体取决于不一致的内容和背景。以下是从不同角度进行的分析：
合同效力问题：
- 合同内容与实际履行不符：如果合同中的条款（如交易标的、价格、数量等）与实际履行的发票和资金流转不一致，这可能构成合同履行中的变更。根据《民法典》的相关规定，合同双方可以通过协商一致变更合同内容。但如果这种变更未经双方明确同意，或者存在欺诈、胁迫等情形，可能影响合同的效力。
- 合同形式与实质不符：有时，合同可能以某种形式（如口头协议）达成，但实际履行时却以另一种形式（如书面合同）体现，且发票和资金流转与书面合同一致。这种情况下，如果口头协议与书面合同存在冲突，且没有证据证明书面合同是对口头协议的变更或补充，那么口头协议的效力可能会受到质疑。不过，在大多数情况下，书面合同因其更强的证明力而被优先采纳。
税务合规问题：
- 发票的真实性与合法性：即使发票上的金额与资金流转一致，但如果发票本身存在虚假（如伪造、变造发票）或不符合税务规定（如未按规定开具、取得发票），则可能构成税务违法行为。税务机关在核查时，不仅会关注发票与资金的匹配性，还会审查发票的真实性和合法性。
- 税务申报与缴纳：合同内容与实际履行的不一致可能影响税务申报和缴纳。例如，如果合同约定的交易价格低于实际交易价格，但发票和资金流转却反映了实际交易价格，那么企业在税务申报时可能需要按照实际交易价格进行申报，否则可能面临税务风险。
法律风险与防范：
- 合同审查与修改：为避免合同内容与实际履行不一致带来的法律风险，建议在签订合同前进行充分的审查和修改，确保合同条款清晰、准确、无歧义。同时，在合同履行过程中，如需变更合同内容，应及时签订补充协议并明确变更事项。
- 保留证据与记录：在合同履行过程中，应妥善保留与合同履行相关的所有证据和记录，包括发票、资金流转凭证、交货单、验收单等。这些证据和记录在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
- 及时咨询与应对：如果发现合同内容与实际履行存在不一致的情况，应及时咨询专业律师或税务顾问的意见，并根据具体情况采取相应的应对措施，以降低法律风险。
总结来说，发票和资金一致但合同不一致可能涉及合同效力、税务合规以及法律风险等多个方面。为避免潜在的法律问题，建议企业在签订和履行合同过程中保持谨慎和合规，并在必要时寻求专业法律或税务顾问的帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。