合同与发票金额不一致时，其有效性及合法性需根据具体情况来判断。以下是对这一问题的详细解答：
一、原则上的要求
在商业交易中，合同与发票作为交易的重要凭证，原则上应保持金额的一致性。合同是双方达成交易意愿并明确交易条款的法律文件，而发票则是证明交易实际发生并用于税务申报的凭证。因此，两者在金额上的一致性对于确保交易的合法性和合规性至关重要。
二、可以不一致的情况
尽管原则上要求合同与发票金额一致，但在某些特定情况下，两者可能存在不一致，且这种不一致是合理的：
双方协商变更合同：
- 在合同履行过程中，由于市场需求变化、供应情况调整等原因，双方可能会协商调整交易金额。
- 在这种情况下，虽然合同金额与发票金额不一致，但只要有双方的沟通记录或其他证明文件表明协商一致，这种不一致是合理的。
- 建议双方尽快补签书面的补充协议，以明确变更后的金额，避免后续纠纷。
存在折扣、折让等优惠：
- 销售方为了促进销售、及时收回货款等原因，可能会给予购买方一定的折扣或折让。
- 这会导致实际开具的发票金额低于合同金额。销售方需要按照规定进行税务处理，如开具红字发票等，以确保税务合规性。
三、不一致可能带来的风险
如果合同与发票金额不一致且没有合理理由，可能会引发以下风险：
- 税务风险：税务机关可能会认为这种不一致涉嫌虚开发票或偷税漏税，从而对企业进行税务稽查和处罚。
- 合同纠纷风险：金额不一致可能导致双方在责任承担、款项支付等方面产生争议，甚至引发法律诉讼。
四、建议与措施
为避免合同与发票金额不一致带来的风险，建议采取以下措施：
- 加强合同管理：确保合同签订时内容准确、完整，对交易金额等关键信息进行明确约定。
- 严格发票管理：开具发票时务必确保其与合同中的金额等关键信息保持一致。如发现不一致，应及时与对方沟通并协商解决。
- 完善证明文件：对于因协商变更合同或折扣、折让等原因导致的不一致，应确保有充分的证明文件（如沟通记录、补充协议、红字发票等）以证明其合理性。
- 加强税务合规意识：遵守相关税务规定，确保税务处理的合规性，避免因税务问题引发的法律风险。
综上所述，合同与发票金额不一致时，其有效性及合法性需根据具体情况来判断。双方应加强沟通、完善证明文件，并确保税务处理的合规性，以确保交易的合法性和合规性。