结论：国土出让合同因自然资源局签订错误导致款项未入库并产生滞纳金，是否可以减免，需根据具体情况分析，一般而言，若因行政机关过错导致，可依法申请减免滞纳金。以下从不同角度进行详细分析：
一、滞纳金产生的法律基础
滞纳金通常作为对未按时履行金钱给付义务的一种惩罚性措施，其产生基于合同约定或法律规定。在国土出让合同中，若合同明确约定了款项支付时间及滞纳金条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，则具有法律效力。然而，若滞纳金条款因违反公平原则、显失公平或存在其他违法情形，可能被认定为无效或可撤销。
二、自然资源局签订错误的影响
行政机关过错：若自然资源局在签订国土出让合同时存在过错，如合同条款表述不清、计算错误等，导致款项未按时入库，进而产生滞纳金，这属于行政机关的过错行为。根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，因行政机关过错导致的损失，行政机关应承担相应的责任。
减免滞纳金的法律依据：虽然直接的法律条文可能并未明确规定因行政机关过错可减免滞纳金，但根据《中华人民共和国行政处罚法》中关于“行政机关实施行政处罚，应当坚持处罚与教育相结合，教育公民、法人或者其他组织自觉守法”的原则，以及公平、公正、合理的行政执法理念，因行政机关过错导致的滞纳金，行政相对人有权依法申请减免。
三、减免滞纳金的途径
协商解决：首先，可以尝试与自然资源局进行协商，说明情况，提出减免滞纳金的请求。在协商过程中，可以提供相关证据，如合同文本、支付凭证、沟通记录等，以证明滞纳金产生的原因及行政机关的过错。
行政复议或行政诉讼：若协商无果，可以依法向上一级行政机关申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼，请求撤销或变更滞纳金决定。在行政复议或行政诉讼过程中，需要充分阐述行政机关的过错及减免滞纳金的理由，并提供相关证据支持。
四、注意事项
及时行动：一旦发现因自然资源局签订错误导致款项未入库并产生滞纳金，应及时采取行动，避免滞纳金继续累积增加损失。
保留证据：在整个过程中，务必保留好所有相关证据，如合同文本、支付凭证、沟通记录、协商记录等，以备不时之需。
专业咨询：由于涉及法律专业问题，建议在处理过程中咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。
建议：针对您的情况，我建议您首先与自然资源局进行协商，说明情况并提出减免滞纳金的请求。若协商无果，再考虑通过行政复议或行政诉讼等法律途径解决。在整个过程中，务必保留好相关证据，并咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。