结论：分公司能否注册项目经理，需结合分公司是否具备独立法人资格、是否取得相应资质以及具体行业规定综合判断。以下分情况详细说明：

1. 若分公司具备独立法人资格
   根据《公司法》第十四条，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。但若分公司通过特别授权或登记为“非法人企业独立核算分支机构”（实践中极少见），且行业规定允许分支机构独立申请资质（如建筑行业部分地区允许分公司以总公司名义承接项目并备案项目经理），则可能具备注册项目经理的资格。此时需满足：

   • 分公司已取得行业主管部门颁发的独立资质证书（如建筑业企业资质证书）；
     
   • 项目经理的注册单位与资质证书主体一致；
     
   • 符合地方性法规或行业规范对分支机构人员备案的具体要求。

2. 若分公司不具备独立法人资格（常见情形）
   分公司通常无法以自身名义注册项目经理，但可通过以下方式实现：

   • 以总公司名义注册：项目经理的执业资格注册在总公司，实际派驻至分公司项目任职。此时需在项目合同或备案文件中明确项目经理的派驻关系，并符合行业对人员到岗率的要求（如建筑领域要求项目经理每月到岗天数）。
     
   • 借用总公司资质：若分公司以总公司名义承接项目，项目经理的注册单位必须为总公司，分公司仅作为项目执行主体。此情形下需注意避免“挂证”风险（即项目经理未实际履职），否则可能面临行政处罚（如《建筑法》第六十六条规定的责令改正、罚款等）。

3. 行业特殊规定
   部分行业对分支机构人员注册有例外规定：

   • 监理行业：根据《工程监理企业资质管理规定》，分公司可在总公司授权下使用总公司的监理工程师，但需在项目所在地备案；
     
   • 设计行业：若分公司已取得《工程设计资质证书》，可能允许注册结构工程师等以分公司名义执业，但需满足地方住建部门对人员社保、劳动合同等要求；
     
   • 造价咨询行业：分公司若取得《工程造价咨询企业资质证书》，可注册造价工程师，但需确保人员与分公司签订劳动合同并缴纳社保。

建议行动：

1. 核实分公司是否取得行业主管部门颁发的独立资质证书；
   
2. 查询项目所在地住建、交通等部门对分支机构人员备案的具体规定；
   
3. 若需以分公司名义使用项目经理，确保其劳动合同、社保、执业注册单位与分公司一致；
   
4. 避免“人证分离”的违规行为，降低行政处罚和合同纠纷风险。
   

如有进一步疑问，可提供分公司所在行业、地区及具体业务类型，我将结合地方性法规为您细化分析。