退货时因没有包装盒而被扣款是否合法，这主要取决于买卖双方在合同中的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 如果货物买卖合同中明确约定了退货时需要保持包装盒的完整性，或者约定了因包装盒缺失而可以扣除一定款项的条款，那么商家在退货时因没有包装盒而扣款是合法的。因为合同是双方自愿达成的协议，具有法律约束力，双方都应按照合同约定履行义务。

2. 法律法规角度：

   • 在没有具体合同约定的情况下，我们需要参考相关的法律法规。一般来说，如果包装盒的缺失并不影响货物的质量、性能或使用价值，且商家没有因此遭受实际损失，那么商家因没有包装盒而扣款可能缺乏法律依据。
   • 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》等相关法律，消费者在购买商品后享有退货的权利，且退货时应当保证商品的完好。但这里的“完好”通常指的是商品本身的质量、性能等未受影响，并不一定包括包装盒的完整性。除非商家能够证明包装盒的缺失对其造成了实际损失，否则不应随意扣款。

3. 实际操作建议：

   • 作为消费者，在退货前应仔细阅读合同条款，了解退货政策，特别是关于包装盒的要求。如果合同中没有明确约定，可以与商家协商，尽量保持包装盒的完整性以避免不必要的纠纷。
   • 如果商家因没有包装盒而扣款，且消费者认为这不合理，可以要求商家提供扣款的依据和理由。如果商家无法提供合理的解释或依据，消费者可以向消费者协会或相关监管部门投诉，维护自己的合法权益。

总结来说，退货时因没有包装盒而被扣款是否合法，取决于合同中的约定以及相关法律法规的规定。如果合同中有明确约定且符合法律法规，那么扣款是合法的；如果没有约定或约定不明确，且商家无法证明包装盒的缺失对其造成了实际损失，那么扣款可能缺乏法律依据。在遇到此类问题时，建议消费者先与商家协商解决，如果协商不成，可以寻求法律帮助或向相关部门投诉。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。