关于乡镇编外人员持有行政执法证是否合法的问题，这主要取决于具体的法律法规以及地方政策的规定。以下是我根据相关法规和政策，为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，行政执法证是行政执法人员依法进行行政执法活动的身份证明和资格凭证。根据一般的法律原则，行政执法人员应当是具备相应编制和资格的人员，这通常指的是行政编制或事业编制人员。

从您提供的《中仙镇行政执法持证上岗和资格管理制度》中，我们可以明确看到第三条的规定：“行政执法人员须是本乡镇行政编制、事业编制人员，公益性岗人员、合同工、工勤编、员额人员不得从事行政执法工作。”这一条款直接指出了编外人员（如合同工等）不得从事行政执法工作，也就意味着他们通常不应持有行政执法证。

再来看《南昌市乡镇(街道)综合行政执法辅助人员管理办法(试行)》的相关规定。该办法主要规范的是乡镇（街道）综合行政执法辅助人员的管理。其中第十一条明确指出：“执法辅助人员不具备独立行政执法资格，应当在乡镇(街道)综合行政执法队及其正式行政执法人员的指挥调度下，开展相关行政执法辅助工作。”以及第十三条：“执法辅助人员不得独立或者以行政执法人员名义从事行政执法工作。”这些条款都进一步强调了执法辅助人员（通常包括编外人员）不具备独立的行政执法资格，因此他们不应持有行政执法证。

综合以上分析，我们可以得出结论：在一般情况下，乡镇编外人员是不应持有行政执法证的，因为他们不具备独立的行政执法资格。如果编外人员确实参与了行政执法辅助工作，他们应当在正式行政执法人员的指挥调度下进行，并且不应以行政执法人员的名义独立从事行政执法活动。

当然，不同地区可能会有不同的具体规定和政策，因此在实际操作中，还需要结合当地的具体法规和政策来判断。如果您对某个具体地区的政策有疑问，建议咨询当地的司法行政部门或相关机构以获取准确的信息。