结论：您不可以直接从公安机关申请备案样本用于自行委托鉴定合同上的公章，但可以通过合法途径获取公章样本进行鉴定，具体方式需根据实际情况选择。

分析说明：

1. 公安机关备案公章样本的获取限制：

   • 公安机关备案的公章样本通常用于公章的刻制、备案及管理，并不直接对外提供用于民事鉴定。这些样本主要用于确保公章的合法性和唯一性，防止伪造和滥用。
   • 因此，您不能直接从公安机关申请获取备案样本用于自行委托的公章鉴定。

2. 合法获取公章样本的途径：

   • 合同对方提供：在合同纠纷中，您可以要求合同对方提供其使用的公章样本，以便进行比对和鉴定。这是最直接且合法的方式。
   • 法院或仲裁机构委托鉴定：如果您需要通过法律途径解决合同纠纷，可以向法院或仲裁机构提出申请，由它们委托专业的鉴定机构进行公章鉴定。在这种情况下，鉴定机构会按照法定程序获取公章样本，并进行鉴定。
   • 其他合法途径：在某些特殊情况下，如果您能够证明获取公章样本的合法性和必要性，且符合相关法律法规的规定，您也可以通过其他合法途径获取公章样本。但这种情况较为罕见，且需要严格的法律程序和审批。

3. 自行委托鉴定的注意事项：

   • 如果您决定自行委托鉴定机构进行公章鉴定，应确保鉴定机构具有合法的资质和专业的技术能力。
   • 在委托鉴定时，应提供清晰、完整的公章样本和鉴定要求，以便鉴定机构能够准确、客观地进行鉴定。
   • 自行委托鉴定的结果可能不被法院或仲裁机构直接采纳，特别是在对方对鉴定结果提出异议时。因此，在自行委托鉴定前，应充分考虑其法律效力和可能的风险。

行动建议：

• 如果您需要鉴定合同上的公章，建议首先与合同对方协商，要求其提供公章样本进行比对。
• 如果协商无果或对方拒绝提供公章样本，您可以考虑向法院或仲裁机构提出申请，由它们委托专业的鉴定机构进行公章鉴定。
• 在整个过程中，应确保所有行为的合法性和合规性，避免采取非法手段获取公章样本或进行鉴定。

法律背景：

• 公章的鉴定通常涉及民事证据的认定和采信问题，需要遵循相关的法律法规和司法程序。
• 在合同纠纷中，公章的真实性和合法性往往是争议焦点之一，因此需要通过合法途径进行鉴定和确认。