私下签订的店铺转让协议在多数情况下是有效的，但其有效性取决于多个法律要点的满足。以下是对这一问题的详细分析：
一、协议有效的条件
合同当事人具备民事行为能力：
- 签订协议的双方必须具备相应的民事行为能力，即双方需为精神正常、年满18周岁的自然人，或依法成立的法人组织。若一方为限制民事行为能力人或无民事行为能力人，所签协议可能效力待定或无效。例如，未成年人未经法定代理人同意签订的重大店铺转让协议即属此类情况。
意思表示真实且无欺诈胁迫：
- 双方签订协议时的意思表示必须真实，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。若转让方故意隐瞒店铺存在重大债务或法律纠纷，导致受让方在违背真实意愿的情况下签订协议，受让方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。
内容合法且不违背公序良俗：
- 协议内容必须符合法律法规的规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。若转让店铺的目的是为了逃避债务或进行非法经营活动，则该协议将因违反法律强制性规定而无效。
符合法定形式要求：
- 法律、行政法规规定或当事人约定合同应当采用书面形式订立的，必须遵守这一要求。店铺转让涉及重大权益变动，通常要求以书面形式签订协议，并明确双方的权利和义务。
二、可能导致协议无效的情形
违反法律法规强制性规定：
- 如果店铺转让行为违反了法律、行政法规的强制性规定，如未经许可擅自转让特定行业的店铺，那么协议将被认定为无效。
恶意串通损害他人利益：
- 转让方和受让方恶意串通，签订店铺转让协议以损害公司其他股东、债权人等第三人的合法权益，这种情况下协议也会被认定为无效。例如，为了逃避债务而进行的低价店铺转让等。
以合法形式掩盖非法目的：
- 表面上签订店铺转让协议，但实际上是为了进行违法活动，如洗钱、逃税等。这种情况下，店铺转让协议同样会被认定为无效。
三、实际操作中的建议
尽职调查：
- 在签订店铺转让协议前，建议对店铺的财务状况、法律纠纷、经营许可等情况进行尽职调查，以确保转让的合法性和可行性。
明确协议条款：
- 协议中应明确规定转让的店铺范围、价格、支付方式、过户时间等关键条款，以避免未来可能出现的纠纷。
办理相关手续：
- 根据相关法律法规的要求，办理店铺转让所需的工商变更登记、税务登记变更等手续，以确保转让的合法性和有效性。
总结来看，私下签订的店铺转让协议在满足上述条件时通常是有效的。然而，由于店铺转让涉及复杂的法律程序和潜在的法律风险，建议在签署协议前仔细审查协议条款，并确保协议内容的合法性与合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。