结论：同一法人的厂房互相租赁，租金是否可以免除并非由法律直接规定，而是取决于双方租赁合同的约定以及相关法律法规的合规性。以下从不同角度进行分析：

1. 合同自由原则：

   • 在民事法律关系中，合同自由是一项基本原则。这意味着，同一法人的两个厂房之间进行租赁时，双方有权在合同中自由约定租金金额、支付方式等条款。
   • 因此，如果双方协商一致，可以在租赁合同中约定免租金或租金减免的条款。这种约定是合法有效的，只要不违反法律法规的强制性规定。

2. 税务合规性：

   • 虽然合同可以自由约定租金，但税务方面的问题也需要考虑。如果双方约定免租金，从税务角度看，可能被视为无偿使用资产，这可能涉及企业所得税、房产税等税务问题。
   • 具体来说，无偿使用资产可能被视为企业的一种收益，需要按照税法规定进行纳税申报。因此，在约定免租金时，应充分考虑税务合规性，避免潜在的税务风险。

3. 关联交易与公平性：

   • 同一法人的两个厂房之间的租赁属于关联交易。在关联交易中，双方应确保交易的公平性和合理性，避免损害公司或其他股东的利益。
   • 如果免租金的约定被认为是不公平的或损害了公司利益，可能会引发内部纠纷或法律诉讼。因此，在约定免租金时，应确保交易的公平性和合理性，并考虑进行必要的内部审批或披露。

4. 实际操作建议：

   • 在进行同一法人厂房互相租赁时，建议双方签订详细的租赁合同，明确租金金额、支付方式、租赁期限等条款。
   • 如果考虑免租金或租金减免，应在合同中明确约定，并充分考虑税务合规性和关联交易的公平性。
   • 如有必要，可以咨询专业税务顾问或律师，以确保交易的合法性和合规性。

总结与建议：同一法人的厂房互相租赁时，租金是否可以免除取决于双方租赁合同的约定以及相关法律法规的合规性。在约定免租金时，应充分考虑税务合规性、关联交易的公平性以及内部审批或披露的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。