针对您提出的“公司不批离职怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，根据《劳动合同法》第三十七条的规定，劳动者在提前三十日以书面形式通知用人单位的情况下，是有权解除劳动合同的。这一规定明确了劳动者在辞职方面的权利，即无需得到用人单位的批准，只需履行提前通知的义务即可。因此，从法律层面来说，公司无权不批准您的离职申请，只要您已经按照法律规定提前三十日提交了书面辞职申请。
接下来，针对您可能遇到的具体情况，我进一步分析如下：
关于公司提出的特殊理由：
- 如果公司以您签订了某些特殊协议（如关键岗位风险预防、安全维稳责任书）为由拒绝批准离职，您需要仔细审查这些协议的内容。
- 特别是要注意协议中是否有违反现行法律法规的条款，如“投资项目存续期内不允许离职”等。这样的条款很可能因违反劳动法而无效。
- 如果协议内容合法且您已签字认可，但您认为公司提出的完成离任审计等条件不合理或无法在规定时间内完成，您可以与公司进行协商，寻求合理的解决方案。
关于公司要求赔偿的情况：
- 如果公司以您辞职为由要求赔偿所有投入，这通常是不合理的。除非您与公司签订了服务期协议或竞业限制协议，并且违反了这些协议的规定，否则公司无权要求您赔偿。
- 在没有签订相关协议的情况下，您只需履行提前通知的义务即可离职，无需承担额外的赔偿责任。
关于公司不办理退工手续的情况：
- 如果公司违反法律规定未向您出具解除或终止劳动合同的书面证明，或者未在规定时间内为您办理档案和社会保险关系转移手续，您可以向当地劳动监察部门投诉。
- 劳动监察部门有权责令公司改正，并可能对公司进行处罚。如果因此给您造成了损害，公司还应承担相应的赔偿责任。
关于书面辞职申请的提交和确认：
- 为了确保您的辞职申请得到有效确认，建议您通过书面形式（如邮件、快递等）提交辞职申请，并保留好相关证据。
- 如果公司表示没有收到或拒绝受理您的辞职申请，您可以向公司再次发送书面通知，并要求公司确认收到。同时，您也可以考虑向劳动监察部门寻求帮助。
综上所述，只要您已经按照法律规定提前三十日提交了书面辞职申请，公司就无权不批准您的离职。如果公司拒绝批准或提出不合理要求，您可以通过协商、投诉或法律途径来维护自己的权益。希望这些解答能对您有所帮助。