您好，关于“渣土跨省运输是否合法”的问题，这主要取决于是否获得了相关的运输许可，并遵守了相关的法律法规。
首先，对于一般的货物运输，如果车货的总高度、宽度、长度或质量超过了公路、公路桥梁、公路隧道的限载、限高、限宽、限长标准，那么就需要办理超限运输许可，也就是我们通常所说的大件运输许可。对于跨省的大件运输，需要向起运地省级交通运输主管部门提出申请，由其统一受理并组织协调沿线各省级交通运输主管部门联合审批。在获得许可后，按照指定的时间、路线、速度行驶公路，这样的运输就是合法的。
然而，对于渣土（通常属于建筑垃圾的一种）的跨省运输，情况就更为特殊和严格了。建筑垃圾具有较强的污染性，如果处理不当，可能会对大气、水质等造成严重污染，进而影响人类身体健康。因此，国家对建筑垃圾的排放、运输和处置都制定了严格的管理规定。未经许可，擅自跨省运输建筑垃圾（包括渣土）是违法的。
以您提供的案例为例，大货车驾驶员何某从上海运输一车建筑垃圾至海门市区，途中因超载及违法运输建筑垃圾等违法行为被行政机关处以罚款。这个案例就很好地说明了，即使是一般的货物运输车辆，如果未经许可擅自运输建筑垃圾，也会面临严重的法律后果。
所以，如果您需要进行渣土的跨省运输，我建议您：
了解并遵守相关法律法规：确保您的运输行为符合国家和地方对建筑垃圾运输的相关规定。
办理必要的运输许可：如果您的运输符合大件运输的标准，那么需要向相关部门申请并获得超限运输许可；如果您的运输是建筑垃圾，那么还需要获得建筑垃圾处置（运输）许可证。
按照指定的时间、路线、速度行驶：在获得许可后，一定要按照指定的时间、路线、速度行驶公路，避免违法行为的发生。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。