车辆套牌被查获后，将面临行政处罚、刑事责任追究（视情节严重程度）以及民事赔偿等多重法律后果，具体处理方式如下：

1. 行政处罚层面
   根据《道路交通安全法》第九十六条，套牌行为将面临以下处罚：
   

• 扣留机动车：公安机关交通管理部门会直接扣留涉案车辆；
  
• 罚款与记分：处2000元以上5000元以下罚款，并一次性记12分（若使用伪造、变造号牌，罚款幅度为2000元至5000元；若使用其他车辆号牌，罚款幅度为2000元至5000元，但部分地区可能按上限处罚）；
  
• 收缴号牌：伪造、变造或非法获取的号牌会被依法收缴、销毁；
  
• 拘留：若情节严重（如多次套牌、造成交通事故后逃逸等），可并处15日以下拘留。
  特殊情形：若套牌车辆涉及盗抢、走私等违法犯罪活动，公安机关会移交相关部门进一步处理。

1. 刑事责任层面
   若套牌行为伴随其他严重情节，可能触犯《刑法》：
   

• 伪造、变造、买卖身份证件罪：若套牌过程中伪造、变造机动车登记证书、号牌等，可能被处3年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的，处3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金；
  
• 使用虚假身份证件罪：若使用伪造、变造的号牌上路，可能被处拘役或管制，并处或单处罚金；
  
• 交通肇事罪或危险驾驶罪：若套牌车辆发生交通事故后逃逸，或存在醉酒驾驶、追逐竞驶等危险行为，将按相应罪名追究刑事责任。

1. 民事赔偿层面
   若套牌车辆造成他人财产损失或人身伤害，套牌者需承担民事赔偿责任。例如：
   

• 赔偿被套牌车主的损失（如因套牌导致的误工费、交通费、车辆贬值损失等）；
  
• 赔偿交通事故受害者的医疗费、误工费、残疾赔偿金等。
  提示：若被套牌车主能证明自身无过错（如车辆未被盗抢、未出借等），可向套牌者追偿；若被套牌车主存在过错（如出借车辆未核实对方资质），可能需承担部分连带责任。

建议：

• 若您是套牌行为的实施者，应主动配合调查，如实陈述事实，争取从轻处理；
  
• 若您是被套牌车主，应立即报警并保留证据（如行车记录仪视频、停车记录等），以便后续维权；
  
• 若您因套牌行为遭受损失，可依法向套牌者或相关责任方主张赔偿。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。