合作社可以签订三方协议，但需满足法律规定的主体资格和协议内容合法等条件。具体分析如下：

1. 合作社的法律地位
   根据《中华人民共和国农民专业合作社法》，合作社是依法登记的法人组织，具有独立的民事权利能力和行为能力。这意味着合作社可以以自己的名义参与民事活动，包括签订合同。三方协议本质上是合同的一种形式，只要合作社具备签约主体资格，即可签订。

2. 签订三方协议的合法性条件

   • 主体资格：合作社需已完成工商登记并取得营业执照，且协议内容在其经营范围之内。例如，若合作社从事农产品销售，则可签订涉及采购、销售的三方协议。
     
   • 协议内容合法：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定（如垄断、欺诈等），也不得损害社会公共利益或他人合法权益。
     
   • 意思表示真实：合作社需基于真实意愿签订协议，不存在胁迫、欺诈等情形。

3. 实务中的注意事项

   • 内部决策程序：若协议涉及重大事项（如大额交易、资产处置），需按合作社章程履行内部决策程序（如成员大会表决）。
     
   • 合同形式：根据《民法典》，三方协议可采用书面形式，口头协议在特定情况下也可能被认可，但书面形式更有利于固定证据、明确权利义务。
     
   • 违约责任：建议在协议中明确约定违约责任（如违约金、赔偿范围），以降低纠纷风险。

总结：合作社作为法人主体，在满足主体资格、协议内容合法等条件下，可以签订三方协议。实务中需注意内部决策程序、合同形式及违约责任等细节。若涉及具体协议起草或纠纷处理，可进一步向我咨询。