市场监管局在查处商标侵权店铺时，确实会进行处罚，但前提是必须经过法定程序认定存在商标侵权行为。以下从多个角度为您详细分析：
一、处罚的前提：商标侵权行为的认定
市场监管局在查处商标侵权案件时，会依据《中华人民共和国商标法》及相关法律法规，通过调查、取证等法定程序，来判定店铺是否存在商标侵权行为。这包括未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标，或者销售侵犯注册商标专用权的商品等行为。只有经过严格认定，确认存在商标侵权行为后，市场监管局才会依法进行处罚。
二、处罚的具体措施
民事赔偿：
- 停止侵权：市场监管局会责令侵权店铺立即停止一切侵犯商标权的行为，如停止在商品、包装、店铺招牌和广告宣传中使用与注册商标相同或近似的标识。
- 赔偿损失：侵权店铺需赔偿商标权人因侵权行为所遭受的实际损失，包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支，如律师费、公证费等。赔偿数额的确定遵循实际损失、侵权获利或商标许可使用费倍数的原则，对于恶意侵权且情节严重的，赔偿数额可在上述基础上增加一倍至五倍。
行政处罚：
- 责令停止侵权：市场监管局有权责令侵权店铺立即停止销售侵权商品，并停止使用侵权商标，同时封存或收缴侵权商标标识，消除现存商品上的侵权商标。
- 没收、销毁侵权物品：对于侵权店铺用于侵权的商品以及专门制造侵权商品、伪造商标标识的工具，市场监管局可以依法没收并销毁。
- 罚款：根据侵权情节的严重程度，市场监管局可以对侵权店铺处以罚款。罚款金额一般按照非法经营额的一定比例（如50%以下）或侵权所获利润的五倍以下计算。若非法经营额不足五万元，罚款金额最高可达二十五万元。对于五年内实施两次以上商标侵权行为或有其他严重情节的，将从重处罚。
刑事责任：
- 若店铺商标侵权行为情节严重，可能构成侵犯知识产权犯罪，如假冒注册商标罪、销售假冒注册商标的商品罪等，需承担刑事责任。具体罪名及处罚依据《中华人民共和国刑法》的相关规定执行。
三、特殊情况说明
- 商标侵权无法认定：如果经过市场监管局的调查、取证等法定程序后，认为不构成商标侵权行为，那么通常会作出不予行政处罚的决定。但需要注意的是，即使商标侵权无法认定，如果发现当事人存在其他违反法律法规的行为，如不正当竞争、误导消费者等，依然可能会就该其他违法行为进行处罚。
四、建议与提醒
- 尊重知识产权：商家应严格遵守相关法律法规，尊重他人商标权益，避免任何可能的侵权行为。这不仅是维护市场秩序和商业道德的需要，也是避免法律风险和损失的重要途径。
- 及时咨询与应对：如果商家收到市场监管局的查处通知或面临商标侵权纠纷，应及时咨询专业律师（即我，傅梅虹律师），了解自身权利和义务，积极应对并配合调查处理工作。
总之，市场监管局在查处商标侵权店铺时，会依法进行处罚，但前提是必须经过法定程序认定存在商标侵权行为。商家应尊重知识产权，遵守相关法律法规，以避免不必要的法律风险和损失。如果您有任何关于商标权或其他知识产权领域的问题，欢迎直接向我咨询。