第三人配合执行法院调查取证时，应当依法履行协助义务，具体处理方式如下：

1. 明确协助义务的法律依据
   根据《中华人民共和国民事诉讼法》第六十七条及《最高人民法院关于民事执行中财产调查若干问题的规定》第六条，第三人（包括自然人、法人或其他组织）有义务配合法院调查取证。若法院要求第三人提供与案件相关的证据（如财务记录、合同、监控录像等），或要求其到场接受询问，第三人必须依法配合。若拒绝配合，法院可对其采取强制措施，包括罚款、拘留；构成犯罪的（如隐匿、伪造证据），还可能追究刑事责任。

2. 第三人配合的具体流程

   • 接收法院通知：第三人会收到法院的《协助调查通知书》《执行裁定书》等法律文书，需仔细核对文书内容（如协助事项、期限、法院联系方式等）。
     
   • 准备材料：根据法院要求，整理并提交相关证据（如原件或复印件），或安排人员到场接受询问。
     
   • 现场配合：若需到法院或指定地点配合调查，第三人应按时到场，如实陈述事实，不得隐瞒或伪造证据。
     
   • 异议处理：若第三人认为协助事项超出其能力范围（如无法提供某类证据），或涉及商业秘密、个人隐私等合法理由，可向法院提出书面异议，由法院审查后决定是否免除协助义务。

3. 第三人拒绝配合的法律后果

   • 罚款：对单位可处5万元以上100万元以下罚款，对个人可处10万元以下罚款。
     
   • 拘留：情节严重的，可对直接责任人员处15日以下拘留。
     
   • 刑事责任：若第三人通过隐匿、转移、伪造证据等方式阻碍执行，可能构成《刑法》第三百一十三条规定的“拒不执行判决、裁定罪”，最高可处3年有期徒刑。

4. 实务建议

   • 及时沟通：若对协助事项有疑问，第三人应第一时间联系法院承办人，明确义务范围，避免因误解导致违法。
     
   • 保留证据：配合过程中，第三人可要求法院出具接收材料的回执，或记录询问内容，以备后续核查。
     
   • 专业协助：若涉及复杂法律问题（如证据合法性、商业秘密保护），第三人可委托律师协助处理，确保配合行为合法合规。

总结：第三人配合法院调查取证是法定义务，拒绝配合将面临严厉处罚。建议第三人依法履行协助义务，同时通过沟通、留证、委托律师等方式降低风险。若有具体案件或疑问，可直接向我咨询，我会结合案情提供详细方案。