驾驶证因非法客运被扣三个月，需按以下步骤处理：

1. 接受处罚决定
   根据《道路交通安全法》第九十六条及地方性法规，非法客运（如无证营运、黑车拉客等）属于违法行为，交通管理部门可依法暂扣驾驶证，并处以罚款（通常为200-2000元，具体以地方规定为准）。首要步骤是签收处罚决定书，明确暂扣期限及罚款金额。若对处罚有异议，可在收到决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼，但暂扣期间驾驶证仍需暂扣，建议先履行处罚程序再主张权利。

2. 完成暂扣期并处理罚款

   • 暂扣期：驾驶证被扣三个月期间，不得驾驶机动车，否则将面临“无证驾驶”处罚（罚款200-2000元，可并处15日以下拘留）。
     
   • 罚款缴纳：需在处罚决定书规定的期限内（通常为15日内）缴纳罚款，逾期将产生滞纳金（每日3%，最高不超过罚款本金）。若经济困难，可向交管部门申请分期缴纳，但需提供证明材料。

3. 参加学习与考试（部分地区要求）
   部分地区对非法客运处罚后，会要求驾驶人参加交通安全法律、法规学习（通常为7-15日），并通过科目一考试（道路交通安全法律、法规和相关知识考试）后，方可取回驾驶证。需主动联系当地交管部门确认是否需要参加学习及考试，避免因未履行程序导致驾驶证长期扣留。

4. 取回驾驶证
   暂扣期满且完成罚款缴纳、学习考试（如要求）后，持处罚决定书、罚款收据、学习证明（如需）等材料，到交管部门指定地点办理驾驶证返还手续。务必在暂扣期满后及时办理，逾期可能影响驾驶证状态（如被标注“违法未处理”）。

5. 后续合规建议

   • 避免再次违法：非法客运可能涉及《道路运输条例》的行政处罚，甚至触犯《刑法》中的“非法经营罪”（情节严重），需彻底停止相关行为。
     
   • 合法营运：若需从事客运业务，应依法办理《道路运输经营许可证》及《从业资格证》，否则仍可能面临处罚。
     

提示：若对处罚程序、罚款金额或学习考试要求有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体地区法规及案例提供详细解答。