结论：农商行擅自将股东的投资款转入资本充足金的行为，其合法性需根据具体情况判断，但通常情况下，这种擅自转移的行为是不合法的。
分析：
股东投资款的性质：
- 股东的投资款是股东对农商行的出资，用于农商行的运营和发展。这部分资金属于农商行的资本金，但具体使用需遵循公司章程和相关法律法规的规定。
资本充足金的概念：
- 资本充足金是银行为了增强抵御风险能力而提取的准备金，其来源和提取比例通常受到监管机构的严格规定。资本充足金并非随意可以动用的资金，而是银行稳健经营的重要保障。
擅自转移行为的合法性：
- 未经股东同意：如果农商行未经股东同意，擅自将股东的投资款转入资本充足金，这违反了股东对投资款使用的知情权和决策权。股东有权了解并决定其投资款的使用方式，农商行无权单方面改变资金用途。
- 违反公司章程：公司章程是公司运营的基本准则，其中可能明确规定了股东投资款的使用方式和范围。如果农商行的行为违反了公司章程的规定，那么这种行为也是不合法的。
- 监管规定：银行作为金融机构，其运营受到监管机构的严格监管。如果农商行的行为违反了监管机构关于资本充足金提取和使用的规定，那么这种行为同样是不合法的。
可能的法律后果：
- 如果农商行的擅自转移行为被认定为违法，那么它可能面临监管机构的处罚，包括但不限于罚款、限制业务活动等。
- 同时，股东也有权要求农商行恢复原状，即返还被擅自转移的投资款，并可能要求农商行赔偿因此造成的损失。
建议：
- 如果您是农商行的股东，发现农商行擅自将您的投资款转入资本充足金，建议您首先查阅公司章程和相关法律法规，了解您的权利和农商行的义务。
- 然后，您可以与农商行进行沟通，要求其解释行为原因并恢复原状。如果沟通无果，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如向监管机构投诉或提起诉讼。
进一步思考：
- 在处理此类问题时，还需要考虑农商行擅自转移投资款的具体动机和背景。例如，是否是为了应对监管要求、弥补亏损或其他紧急情况？这些因素可能影响对行为合法性的判断以及后续的法律责任。
- 同时，也需要关注农商行的公司治理结构和内部控制机制是否健全。如果公司治理存在缺陷或内部控制失效，可能导致类似擅自转移投资款的行为频繁发生，从而损害股东的利益。
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