结论：公司让店长用微信发工资这一行为，其合法性需结合具体情况判断，若公司能确保工资发放的合规性、完整性和可追溯性，则该行为不违法；但若存在逃避税务、社保缴纳等违法行为，则该行为不合法。以下从不同角度进行详细分析：
一、工资发放的合规性要求
根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当以货币形式按月支付给劳动者本人工资，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，工资支付应当遵循诚实信用原则，确保工资发放的合规性、完整性和可追溯性。
合规性：公司通过微信发放工资，需确保该行为符合相关法律法规的规定，如不得以实物、有价证券等形式代替货币支付工资，不得通过非法手段逃避税务、社保缴纳等义务。
完整性：公司应确保通过微信发放的工资数额与劳动合同约定的工资数额一致，不得克扣或无故拖欠工资。
可追溯性：公司应保留完整的工资发放记录，包括发放时间、金额、支付方式等信息，以便在发生劳动争议时提供证据。
二、微信发工资可能存在的法律风险
税务风险：如果公司通过微信发放工资时未依法履行纳税义务，如未代扣代缴个人所得税，则可能面临税务机关的处罚。
社保缴纳风险：公司通过微信发放工资时，若未依法为劳动者缴纳社会保险费，则可能面临社保部门的处罚，并影响劳动者的社保权益。
劳动争议风险：如果公司通过微信发放工资时未保留完整的工资发放记录，或存在克扣、拖欠工资等行为，则可能引发劳动争议，公司需承担相应的法律责任。
三、建议与措施
完善工资发放制度：公司应制定完善的工资发放制度，明确工资发放的方式、时间、金额等要素，并确保制度符合相关法律法规的规定。
保留完整记录：公司通过微信发放工资时，应保留完整的工资发放记录，包括微信转账记录、工资条等，以便在发生劳动争议时提供证据。
依法履行义务：公司应依法履行纳税、社保缴纳等义务，确保工资发放的合规性。
考虑劳动者权益：公司在选择工资发放方式时，应充分考虑劳动者的权益和便利性，避免因发放方式不当而引发劳动争议。
进一步思考：如果公司确实希望通过微信等电子方式发放工资，建议与劳动者签订书面协议，明确工资发放的方式、时间、金额等要素，并保留好相关证据。同时，公司应定期对工资发放情况进行自查，确保工资发放的合规性和完整性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。