公司用微信发工资在一定条件下是合法的，但需综合考虑多种因素以确保操作的合规性和保障劳动者权益。以下是对此问题的详细分析：
合法性分析
货币形式合规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。微信支付作为一种电子支付方式，技术上满足货币支付的要求，因此从货币形式上并不违反该规定。
双方协商一致：
- 劳动合同中如明确约定可通过微信转账发放工资，或者公司与员工经过充分沟通并达成一致意见，同意采用微信作为工资发放方式，则该行为合法。这种基于双方自愿和协商一致的支付方式，在法律上是被认可的。
符合支付规定：
- 虽然相关法律法规并未明确排除微信等电子支付方式作为工资发放的途径，但要求用人单位确保工资的准确、及时发放，并能够提供完整的支付记录。因此，只要微信转账满足这些要求，即可视为合法支付方式。
需要注意的问题与风险
举证困难：
- 若双方未明确约定工资发放方式为微信转账，一旦发生争议，劳动者可能面临举证困难。微信转账记录虽然可以作为证据，但与银行转账相比，在证明款项性质（明确为工资）方面可能较弱。因此，建议在劳动合同中明确约定工资支付方式及相关细节，并在微信转账留言或聊天记录中注明“工资”用途。
记录有效性：
- 微信转账记录易于删除或篡改，可能影响其作为法律证据的有效性。劳动者应妥善保存相关聊天记录、转账截图等证据，以备不时之需。同时，公司也应建立完善的工资支付记录系统，确保工资支付的准确性和可追溯性。
税务风险：
- 通过微信发放工资可能不利于税务监管。公司需确保按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税，并进行正确的税务申报和缴纳。否则，可能面临税务违法问题和相应的处罚。因此，公司应加强与税务部门的沟通，确保税务处理的合规性。
社保缴纳风险：
- 社保缴费基数通常根据员工工资收入确定。使用微信发工资可能使工资收入难以准确统计，从而为企业少报工资基数、降低社保缴纳金额提供便利。这不仅损害了员工的社保权益，也违反了社保法律法规。公司应确保工资收入的准确统计和社保的足额缴纳。
行业或地区规定：
- 部分特殊行业或对资金管理有严格要求的企业可能需遵循特定的财务制度和规定，不能仅通过微信发放工资。同时，不同地区对于工资发放的具体规定也可能有所差异。公司应遵守当地的相关规定进行工资发放，并咨询当地劳动部门或专业律师以获取准确指导。
合法合规性建议
明确合同约定：
- 在签订劳动合同时，双方应明确约定工资支付方式（包括微信支付）、支付时间等关键条款。这有助于确保双方权益得到保障，并在发生争议时提供明确的法律依据。
选择对公账户或合规渠道：
- 为确保税收及社保的合理处理，公司应优先选择通过对公账户或合规的电子支付渠道发放工资。若确实需要通过微信等电子支付方式发放工资，也应确保相关操作的合规性和可追溯性。
加强账目管理：
- 公司应建立完善的工资支付记录系统，确保工资支付的准确性和可追溯性。这有助于在发生争议时提供有力的证据支持，并维护公司的合法权益。
依法申报纳税和缴纳社保：
- 公司应确保所有收支均依法申报纳税，并足额缴纳社保费用。这有助于维护员工的合法权益，并避免公司面临税务和社保方面的法律风险。
总结来说，公司用微信发工资在符合一定条件下是合法的，但需确保操作合规、妥善处理可能出现的问题，并充分保障劳动者权益。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。