已抵押的厂房在符合法定条件时可以办理权证变更，但需分情况讨论，具体如下：

1. 抵押权人同意且变更不损害抵押权
   根据《民法典》第406条，抵押期间抵押人可以转让抵押财产，但需及时通知抵押权人。若抵押权人能够证明转让可能损害抵押权（如厂房价值显著降低），可要求抵押人将转让所得价款提前清偿债务或提存。因此，若抵押权人书面同意权证变更，且变更行为不损害抵押权（如维持厂房价值、确保抵押登记连续性），可依法办理变更手续。

2. 变更涉及抵押物本身属性（如分割、合并）
   若权证变更涉及厂房物理分割、合并或用途变更（如工业用地转商业用地），需满足以下条件：

   • 抵押权人同意：因变更可能影响抵押物价值，抵押权人同意是前提；
     
   • 重新评估与登记：需对变更后的厂房价值重新评估，并办理抵押权变更登记（如分割后需对各部分重新设定抵押）；
     
   • 符合规划与产权管理要求：需取得自然资源、住建等部门审批，确保变更合法。

3. 变更涉及产权主体转移（如转让、赠与）
   若权证变更因厂房所有权转移（如企业改制、股权转让导致产权人变更），需注意：

   • 抵押权随主债权转移：根据《民法典》第547条，债权转让的，担保该债权的抵押权一并转让，但需办理抵押权变更登记；
     
   • 受让人承继抵押义务：受让人需继续履行原抵押合同约定的义务（如按时还贷），否则抵押权人可主张权利。

风险提示与建议：

• 办理权证变更前，务必与抵押权人协商并取得书面同意，避免因程序瑕疵导致抵押权落空；
  
• 若变更涉及重大价值变动（如拆迁、改建），建议提前委托评估机构出具价值报告，确保抵押权安全；
  
• 变更后需及时到不动产登记机构办理抵押权变更登记，防止因登记滞后产生权利冲突。
  

如有具体操作需求，可进一步提供厂房抵押合同、变更方案等材料，我将结合细节为您制定合规方案。