检察院作出不予起诉决定后，公安机关一般应当撤案，但并非绝对，需根据案件实际情况和检察院的意见进行进一步处理。以下是对此问题的详细分析：

一、法定不起诉情形下的撤案处理

当检察院作出法定不起诉的决定时，意味着犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或者依法不应追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，这一决定应当公开宣布，并将不起诉决定书送达被不起诉人和其所在单位。若被不起诉人在押，应立即释放。在此情形下，公安机关会基于检察院的决定，对案件进行撤案处理，同时解除对犯罪嫌疑人所采取的相关强制措施，使案件得以终结。

二、酌定不起诉与证据不足不起诉的处理差异

1. 酌定不起诉：

   • 适用条件：犯罪情节轻微且依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的情形。
   • 法律后果：公安机关通常不会主动撤案，但可根据检察院建议对涉案财物解除查封、扣押、冻结。若后续发现新证据，可重新移送审查起诉。

2. 证据不足不起诉：

   • 适用条件：经补充侦查后仍证据不足，不符合起诉条件的情形。
   • 法律后果：根据《人民检察院刑事诉讼规则》的相关规定，公安机关可要求复议复核。若检察院维持不起诉决定，公安机关应当撤销案件；若发现新证据，可重新启动侦查程序。

三、特殊情形下的处理原则

1. 存疑不诉后的新证据：

   • 公安机关在撤案后获取新证据的，可重新立案侦查并移送审查起诉。这意味着，即使检察院最初作出了不起诉决定，如果公安机关后续发现了新的证据，仍然有可能重新启动刑事诉讼程序。

2. 行政违法与刑事犯罪的衔接：

   • 不起诉案件中涉及行政违法的，公安机关应依法给予治安管理处罚或其他行政处罚。这体现了法律对不同类型违法行为的区分处理原则，即刑事犯罪与行政违法在法律后果上是不同的。

四、被害人的司法救济途径

值得注意的是，即使检察院作出了不起诉决定，并且公安机关已经撤案，被害人仍然有可能通过司法途径寻求救济。如果被害人不服检察院的不起诉决定，他们可以直接向人民法院提起诉讼。在被害人死亡或丧失行为能力的情况下，其法定代理人或近亲属也有权向人民法院起诉。人民法院受理案件后，人民检察院需将相关案件材料移送至人民法院，以便进行进一步的审理和判决。

总结：

检察院作出不起诉决定后，公安机关的处理方式并非一成不变，而是需根据案件的实际情况和检察院的意见来做出决定。一般情况下，若检察院认为无犯罪事实或证据不足，公安机关应撤案；但在特定情况下，如发现新证据或认为有继续侦查必要，公安机关也可继续侦查。这一流程体现了我国刑事诉讼法的严谨性和灵活性，既保障了犯罪嫌疑人的合法权益，也确保了案件的公正处理。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。