结论：评估只算了一部分面积是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从多个角度进行分析：

一、评估依据与合法性判断

1. 评估依据：

   • 国有土地使用权证和建房许可证是房屋产权和合法建设的重要依据。评估时，应全面考虑这些证件所载明的面积、用途、结构等信息。
   • 评估机构在进行评估时，应遵循相关法律法规和评估准则，确保评估结果的客观、公正、准确。

2. 合法性判断：

   • 如果评估机构仅根据部分面积进行评估，而忽略了其他合法面积，这可能构成评估不全面或评估失误，从而影响评估结果的合法性。
   • 然而，如果评估机构有合理理由（如部分面积存在争议、未取得合法手续等）而仅对部分面积进行评估，并明确说明了评估范围和限制条件，那么这种评估可能是合法的。

二、可能的情况与应对建议

1. 评估机构失误或疏忽：

   • 如果评估机构因失误或疏忽而仅评估了部分面积，您可以要求评估机构重新进行评估，并确保评估范围涵盖所有合法面积。
   • 如果评估机构拒绝重新评估或无法给出合理解释，您可以考虑向相关监管部门投诉或寻求法律途径解决。

2. 部分面积存在争议或未取得合法手续：

   • 如果部分面积存在争议（如与邻居的边界争议）或未取得合法手续（如未办理规划许可、施工许可等），评估机构可能出于谨慎考虑而仅对部分面积进行评估。
   • 在这种情况下，您应先解决争议或补办相关手续，然后再要求评估机构进行全面评估。

3. 评估目的与范围限制：

   • 如果评估目的本身就有限制（如仅评估房屋的市场价值而不包括土地价值），或者评估范围被明确限定为部分面积（如仅评估主楼而不包括附属设施），那么评估机构仅对部分面积进行评估可能是合法的。
   • 在这种情况下，您应仔细阅读评估合同和报告，了解评估目的和范围限制，并确保这些限制符合您的需求。

三、法律后果与风险提示

• 如果评估结果不全面或不准确，可能导致您在房屋交易、抵押、拆迁等过程中遭受损失。
• 因此，在选择评估机构时，您应确保其具有合法资质和良好信誉，并在评估合同中明确评估范围、目的和限制条件。
• 如果对评估结果有异议，您应及时与评估机构沟通并寻求解决方案，必要时可寻求法律途径维护自己的合法权益。

建议：如果您对评估结果有疑问或认为评估不全面，建议您先与评估机构沟通并要求其给出合理解释和解决方案。如果无法达成一致意见，您可以考虑向相关监管部门投诉或咨询专业律师以获取更具体的法律建议。有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更全面的解答。