核心结论：针对您已缴纳三百亩林木费用但仅获得五十亩砍伐证的情况，是否可以补办取决于具体原因，以下是可能的情况及处理建议：

1. 若因行政审批流程或信息误差导致
   若林业主管部门在审批过程中因疏忽（如面积核算错误、材料遗漏等）未足额发放许可证，您有权要求其补办剩余面积的砍伐证。根据《森林法》第五十六条，采伐林木需依法申请许可证，行政机关有义务根据申请内容完整核发。您可携带缴费凭证、原许可证、申请材料等证据，向发证机关提出书面补办申请，并要求说明未足额发放的原因。

2. 若因林木资源保护政策限制
   若当地因生态保护（如自然保护区、公益林划定）或年度采伐限额已满，导致无法足额审批，则可能无法补办。根据《森林法》第五十四条，国家实行采伐限额制度，县级以上政府需将限额分解到各单位。此时您可要求林业部门出具书面说明，明确拒绝补办的理由及依据，并协商调整采伐计划（如分年度采伐）或申请退还多余费用。

3. 若因申请材料不全或不符合条件
   若您提交的采伐申请中，部分林木存在权属争议、未完成更新造林承诺、未缴纳植被恢复费等问题，可能导致部分面积未获批准。此时需补充完善材料（如权属证明、缴费凭证、更新造林方案等）后重新申请。根据《森林法实施条例》第三十条，申请采伐许可证需提交采伐作业设计文件、权属证明等材料，缺一不可。

行动建议：

1. 立即联系发证机关，要求出具书面《不予补办通知书》或《采伐许可决定书》，明确未足额发放的具体原因及法律依据；
   
2. 核对原申请材料与缴费凭证，确认申请面积、缴费金额与实际发放是否一致；
   
3. 若认为行政行为违法，可依据《行政复议法》第十二条，在知道该行为之日起60日内向上一级林业主管部门申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼。
   

风险提示：
未经许可擅自采伐超出许可证范围的林木，可能构成滥伐林木罪（《刑法》第三百四十五条），按数量不同可处三年以下有期徒刑至七年有期徒刑。建议务必通过合法途径解决，避免刑事风险。

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我提供材料，我将协助您制定具体维权方案。