结论：一份协议中有三条内容时，是选择共同起诉还是单个起诉，取决于这三条内容是否相互独立、是否涉及同一法律关系或事实，以及当事人的具体诉求和诉讼策略。以下是对此问题的详细分析：

1. 内容相互独立的情况：

   • 如果协议中的三条内容相互独立，即每条内容都构成了一个独立的法律关系或事实，且当事人希望就每条内容分别主张权利或义务，那么可以选择单个起诉。例如，协议中分别约定了货款支付、违约责任和保密义务，且这三项内容在法律上并无直接关联，当事人可以就其中一项或多项内容单独提起诉讼。

2. 内容相互关联的情况：

   • 如果协议中的三条内容相互关联，共同构成了一个完整的法律关系或事实，且当事人希望就整个协议或其中的核心部分主张权利或义务，那么可能需要选择共同起诉。例如，协议中约定了合作项目的整体框架、双方的权利义务以及违约责任，这三条内容在法律上紧密相连，共同构成了合作协议的核心内容。在这种情况下，如果当事人希望就整个合作协议或其中的核心部分主张权利，可能需要将三条内容一并提起诉讼。

3. 诉讼策略和效率考虑：

   • 除了考虑内容的独立性和关联性外，当事人还需要考虑诉讼策略和效率。共同起诉可能有助于减少诉讼成本、提高诉讼效率，并避免因分别起诉而可能产生的法律风险。然而，如果共同起诉涉及的事实复杂、法律关系多样，或者当事人希望就某些特定内容单独主张权利，那么单个起诉可能更为合适。

4. 法律建议：

   • 在决定是共同起诉还是单个起诉时，建议当事人咨询专业律师，根据协议的具体内容、法律关系、事实情况以及当事人的具体诉求和诉讼策略进行综合分析。律师可以根据当事人的具体情况，提供针对性的法律建议，帮助当事人选择最合适的诉讼方式。

进一步思考：

• 在选择诉讼方式时，当事人还需要考虑证据收集、法律适用、诉讼风险等因素。例如，共同起诉可能需要收集更多的证据来支持整个协议或核心部分的诉求，而单个起诉则可能更侧重于特定内容的证据收集。
• 此外，当事人还需要关注诉讼时效、管辖法院等法律程序问题，以确保诉讼的顺利进行。

如有任何关于合同纠纷的法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。