工程挂靠协议在符合法律、行政法规的强制性规定，且不存在其他无效情形时，法院会判断其有效。具体来说，可以从以下几个角度进行详细分析：
协议内容合法性：
- 工程挂靠协议的内容必须符合法律、行政法规的强制性规定。这包括但不限于建筑法、合同法等相关法律法规中关于工程承包、挂靠、转包等方面的规定。
- 如果协议内容违反了这些强制性规定，如未经许可擅自挂靠、转包工程，或者协议中存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议将被视为无效。
双方主体资格：
- 挂靠方和被挂靠方必须具备相应的民事行为能力和资质。例如，挂靠方必须具备从事相关工程建设的资质和能力，被挂靠方则必须是具有合法经营资格的建筑企业。
- 如果一方或双方不具备相应的主体资格，或者资质存在瑕疵，那么该协议也可能被视为无效。
协议形式要件：
- 工程挂靠协议应当采用书面形式，并明确双方的权利和义务。虽然口头协议在某些情况下也可能具有法律效力，但在工程挂靠这种涉及重大利益和复杂关系的领域，书面协议更为稳妥和可靠。
- 如果协议形式要件不完备，如未采用书面形式、未明确双方权利义务等，那么该协议在法律上可能存在瑕疵，影响其有效性。
不存在其他无效情形：
- 除了上述几点外，工程挂靠协议的有效性还受到其他多种因素的影响。例如，如果协议是在一方或双方处于重大误解、显失公平等情形下签订的，或者协议中存在恶意串通、损害国家、集体或第三人利益等情形，那么该协议也可能被视为无效。
法律建议：
- 在签订工程挂靠协议前，双方应充分了解相关法律法规和政策规定，确保协议内容合法合规。
- 双方应认真审查对方的主体资格和资质情况，确保对方具备从事相关工程建设的合法资格和能力。
- 协议应采用书面形式，并明确双方的权利和义务，以避免后续纠纷和争议。
- 如果对协议的有效性存在疑虑或争议，建议及时咨询专业律师或相关机构进行法律评估和风险防控。
可能法律后果：
- 如果工程挂靠协议被法院判定为无效，那么双方将无法依据该协议主张权利或履行义务。
- 无效协议可能导致双方承担法律责任和损失赔偿责任，具体责任和赔偿范围将根据协议无效的原因和双方过错程度等因素进行判定。
如有任何关于工程挂靠协议或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。