结论：员工自离干三天，用人单位一般不能随意扣工资，员工有权获得其实际工作期间的工资。不过，具体是否扣工资还需结合用人单位的规章制度以及是否给用人单位造成实际损失等因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
法律原则与规定角度
- 劳动者享有劳动报酬权：根据《中华人民共和国劳动法》第三条和第五十条的规定，劳动者有取得劳动报酬的权利，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，只要员工提供了劳动，就应当获得相应的报酬，用人单位不能随意剥夺。
- 用人单位的扣款权限受限：用人单位可以代扣劳动者工资的法定情形主要包括个人所得税、社会保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。除此之外，用人单位不得随意克扣劳动者工资。所以，员工自离干三天，用人单位不能以自离为由随意扣除工资。
- 规章制度需合法有效：如果用人单位想通过制定规章制度的方式来规范员工自离行为并设定相应的经济处罚措施，那么这些规章制度必须内容合法、程序民主且经过公示告知全体员工。若规章制度不合法或未履行相应程序，则不能作为扣款的依据。
具体情况分析角度
- 规章制度明确且合法的情况
- 如果用人单位的规章制度明确规定了员工自离需要扣除一定天数的工资作为违约金或其他费用，并且该规章制度已经过民主程序制定（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定）并向员工公示（如在单位内部公告栏张贴、通过电子邮件发送给员工等），那么在符合法律规定的条件下（如扣除金额不超过法定标准），这种扣款可能是合法的。但需注意，实践中很少有规章制度能完全满足这一条件，因为法律对用人单位扣款的限制较为严格。
- 规章制度不明确或违法的情况
- 如果用人单位没有明确的规章制度规定员工自离需要扣工资，或者规章制度本身存在违法之处（如未经民主程序制定、未向员工公示等），那么用人单位无权擅自扣除员工工资。此时，员工有权要求用人单位支付其实际工作三天的工资。
- 实际损失赔偿的情况
- 如果员工的自离行为给用人单位造成了实际经济损失（如招聘费用、培训费用、生产延误损失等），用人单位可以要求员工承担相应的赔偿责任。但这种赔偿必须以实际损失为限，且需要提供充分的证据支持。例如，用人单位需要证明因员工自离导致招聘了新的员工，产生了额外的招聘费用；或者因员工自离导致生产停滞，造成了具体的经济损失金额等。同时，赔偿扣除需遵守法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
工资计算方式
工资的具体数额应根据劳动者实际出勤天数和双方约定的工资标准来计算。例如，若月工资为5000元，按每月21.75天计算工作日，则日工资约为229.89元（\(5000\\div21.75\)）。若劳动者实际出勤3天，则应得工资约为689.67元（\(229.89\\times3\)）。
维权途径
如果用人单位擅自扣除员工工资，员工可以通过以下途径维护自己的合法权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位沟通，说明自己的诉求，要求支付工资。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，由其进行调查并责令用人单位支付工资。
- 申请劳动仲裁：若投诉未能解决问题，可在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内，向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 提起诉讼：对仲裁结果不满意时，可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
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