结论：公司申请注销时，若原在外合作项目未结束，一般不可以直接变更投资责任人，但可通过特定方式处理相关责任和权益。
分析说明：
公司注销的法律后果：
- 公司注销意味着其法人资格的终止，所有未了结的业务和债务原则上应由公司清算组在清算过程中处理完毕。
- 在公司注销前，必须完成清算程序，包括清理债权债务、分配剩余财产等。若合作项目未结束，这通常被视为未了结的业务之一。
投资责任人的变更：
- 投资责任人通常指的是在公司投资项目中承担特定责任（如资金投入、项目管理等）的主体。
- 在公司正常运营期间，投资责任人可以通过合同或公司章程等文件进行约定和变更。
- 然而，在公司注销的情况下，由于法人资格即将终止，直接变更投资责任人可能不再具有实际意义，因为注销后的公司不再具备承担民事责任的能力。
合作项目未结束的处理方式：
- 若公司申请注销时合作项目未结束，应首先考虑通过清算程序处理该项目。这可能包括与合作伙伴协商终止项目、转让项目权益或继续完成项目并分配收益等。
- 在清算过程中，可以明确项目剩余权益和责任的归属，例如由清算组代表公司处理项目事务，或由特定股东或第三方承接项目权益和责任。
- 若需变更投资责任人以继续项目，应确保变更行为符合相关法律法规和合同约定，并办理必要的法律手续（如签订转让协议、办理变更登记等）。
法律建议：
- 提前规划：在公司决定注销前，应提前规划合作项目的处理方式，避免注销后因项目未了结而产生纠纷。
- 协商处理：与合作伙伴积极协商，寻求双方都能接受的解决方案，如终止项目、转让权益或继续合作等。
- 法律手续：若需变更投资责任人或处理项目权益，应确保办理必要的法律手续，以保障各方权益。
- 咨询专业律师：在整个过程中，建议咨询专业律师以确保合规性并降低法律风险。
可能后果：
- 若未妥善处理合作项目而直接注销公司，可能导致公司清算组或股东面临法律责任，如因未履行清算义务而承担赔偿责任。
- 若变更投资责任人或处理项目权益的行为不符合法律法规或合同约定，可能引发纠纷或诉讼，给相关方带来不必要的损失。
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