结论前置：法人股东未退出被投资公司，并不直接决定该公司能否注销。公司能否注销主要取决于是否满足法定注销条件，并依法完成清算程序。
可以注销的情况
股东会决议通过：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司注销属于重大事项，需经股东会或股东大会决议通过。对于有限责任公司，通常需要代表三分之二以上表决权的股东通过；对于股份有限公司，则需要出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。只要股东会能够作出有效的注销决议，即使法人股东未退出，也不影响注销程序的启动。
清算程序完成：
- 清算工作是注销前的必要步骤。股东应组织成立清算组，负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、通知债权人等。清算结束后，清算组需制作清算报告，并报股东会或人民法院确认。只要清算工作依法完成，即使法人股东未参与，也不影响后续的注销程序。
材料齐全：
- 注销公司需要准备一系列的材料，包括但不限于公司营业执照正副本、税务登记证正副本、组织机构代码证正副本、股东会决议、清算报告等。只要这些材料齐全，且符合法定要求，就可以向相关部门申请注销。
存在阻碍的情况及解决方案
法人股东不配合：
- 如果法人股东拒绝配合注销程序，比如拒绝签署相关文件或提供必要资料，这可能会给注销工作带来困难。此时，其他股东可以通过法律途径解决，如向法院提起诉讼，要求法人股东履行其义务，或者通过股东会决议更换法人代表。
关键材料缺失：
- 如果法人股东掌握着公司公章、营业执照原件等关键材料，且拒绝提供，这将严重影响注销手续的办理。在这种情况下，其他股东可以尝试与法人股东协商，看是否能够达成一致；如果协商无果，可以考虑通过法律途径申请强制执行或更换相关材料。
法律建议与后果
法律建议：
- 在注销公司前，建议股东们充分沟通，确保所有股东都同意注销，并准备好所有必要的材料。
- 如果遇到法人股东不配合的情况，应及时咨询专业律师，通过法律途径解决问题。
- 在整个注销过程中，应确保程序的合法性和规范性，避免因程序不当而引发法律纠纷。
可能的法律后果：
- 如果公司未依法完成清算程序就擅自注销，可能会面临法律责任，如对债权人的债务承担连带责任等。
- 如果法人股东拒绝配合注销程序，且其他股东未能通过法律途径解决问题，可能会导致注销程序延误或无法完成。
综上所述，法人股东未退出被投资公司并不直接决定该公司能否注销。只要满足法定注销条件，并依法完成清算程序，即使法人股东未退出，公司仍有可能完成注销。然而，在实际操作中，可能会遇到法人股东不配合等困难，此时应及时咨询专业律师，通过法律途径解决问题。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。