司法鉴定意见不能作为判案依据的情形主要包括以下几个方面：
鉴定机构与鉴定人资质问题
- 鉴定机构不具备法定资质或鉴定事项超出其业务范围、技术条件：鉴定机构必须依法设立并取得相应资质，且只能在核准的业务范围内开展鉴定工作。若机构无资质或超范围鉴定，其出具的鉴定意见不具有法律效力。例如，一个不具备法医精神病鉴定资质的机构对某人的精神状态进行鉴定，其鉴定意见就不能作为判案依据。
- 鉴定人不具备法定资质、不具有相关专业技术或职称，或违反回避规定：鉴定人需具备专业知识、技能和法定资质。若鉴定人无资质、缺乏专业技能，或与案件存在利害关系而未回避，其鉴定意见将受到质疑，不能作为判案依据。比如，一个非法医专业的鉴定人进行法医病理鉴定，或者鉴定人与案件当事人有亲属关系而未回避，都会影响鉴定意见的效力。
送检材料与样本问题
- 送检材料、样本来源不明或被污染、不具备鉴定条件：准确的鉴定依赖于合格的送检材料和样本。若材料、样本来源无法确定，或在保管、运输过程中被污染，或本身不具备鉴定条件，则基于这些材料作出的鉴定意见无法反映真实情况，不能作为判案依据。例如，送检的血液样本因保存不当而变质，就无法进行准确的DNA鉴定。
- 鉴定对象与送检材料、样本不一致：若鉴定对象与实际送检的材料、样本不符，鉴定结果自然无法反映真实情况，因此也不能作为判案依据。比如，要求对A的指纹进行鉴定，但送检的却是B的指纹样本，这样的鉴定意见显然不能作为判案依据。
鉴定程序与方法问题
- 鉴定程序严重违法：鉴定应遵循法定程序进行，包括委托、受理、实施、记录等各个环节。若在这些环节中存在严重违法行为，如未经合法委托擅自鉴定，或未按规定操作流程进行，则鉴定意见的合法性存在问题，不能作为判案依据。例如，鉴定机构未经合法程序接受委托就进行鉴定，或者鉴定过程中未按照规定的步骤和方法进行操作。
- 鉴定过程和方法不符合相关专业的规范要求：不同的鉴定领域有相应的专业规范和技术标准。若鉴定过程和采用的方法不符合这些要求，如使用被淘汰的技术方法，则鉴定意见的科学性和准确性无法保证，不能作为判案依据。比如，在法医病理鉴定中，未按照规定的解剖程序和方法进行解剖，就可能导致鉴定意见的不准确。
鉴定意见的形式与内容问题
- 鉴定意见的形式要件欠缺或不符合规定：鉴定意见应具备法定的形式要件，如鉴定机构的盖章、鉴定人的签名，以及注明的鉴定依据、方法、过程和明确的鉴定结论等。若缺少这些必要的形式要件，或形式不符合法律规定，则鉴定意见的证明力受影响，不能作为判案依据。例如，鉴定意见上缺少鉴定人的签名或鉴定机构的盖章，就可能影响其法律效力。
- 鉴定意见与案件事实明显不符或与其他证据存在矛盾且无法排除：鉴定意见应与案件的其他证据及查明的事实相互印证。若鉴定意见与案件事实不符，或与其他证据存在无法解释和排除的矛盾，则其真实性和可靠性存疑，不能作为判案依据。比如，鉴定意见认定某人的死亡时间为某日某时，但其他证据显示该人在该时间点还活着，这样的鉴定意见就不能作为判案依据。
- 鉴定意见与案件事实没有关联：如果鉴定意见与案件的实际事实没有直接关联或无法证明其关联性，那么这样的鉴定意见也无法对案件的解决产生实质性帮助，因此也不能作为判案的依据。例如，在一起盗窃案件中，鉴定机构对与案件无关的物品进行了鉴定，并出具了鉴定意见，这样的鉴定意见显然与案件事实没有关联，不能作为判案依据。
法律依据：
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十条、第一百四十六条、第一百九十二条等相关条款对鉴定意见作为证据的要求和鉴定人出庭作证的规定进行了明确。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第八十五条、第九十八条详细列举了鉴定意见不能作为定案根据的具体情形。
在实际操作中，如果遇到司法鉴定意见不能作为判案依据的情况，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。