结论：单位和员工约定上24小时休48小时的工时制度是否合法，需根据具体情况判断，若该制度未违反国家关于工时、加班及休息休假的强制性规定，且双方协商一致，则可能合法；但若违反相关规定，则不合法。以下从不同角度详细分析：

一、工时制度的基本规定

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，我国实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。同时，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，但一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过3小时，但是每月不得超过36小时。

二、上24小时休48小时工时制度的合法性分析

1. 若符合综合计算工时制或不定时工时制：

   • 综合计算工时制：针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。若单位和员工约定的上24小时休48小时的工时制度，符合综合计算工时制的审批条件，并已获得劳动行政部门的批准，则该制度可能合法。
   • 不定时工时制：针对因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工所采用的一种工时制度。若员工的工作性质符合不定时工时制的适用条件，且双方协商一致，该制度也可能合法。

2. 若不符合上述工时制或未获得批准：

   • 若单位和员工约定的上24小时休48小时的工时制度，未获得劳动行政部门的批准，且不符合综合计算工时制或不定时工时制的适用条件，则该制度可能违反国家关于工时、加班及休息休假的强制性规定，从而不合法。
   • 特别是，如果员工在24小时工作期间内，实际工作时间超过了法定的工作时间限制（如每日8小时或每周44小时），且未获得相应的加班补偿，则该制度肯定不合法。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 若单位和员工约定的工时制度不合法，员工有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求单位改正并支付相应的加班费或赔偿金。
   • 单位可能面临劳动行政部门的处罚，包括警告、罚款等。

2. 建议：

   • 单位在制定工时制度时，应严格遵守国家关于工时、加班及休息休假的强制性规定，确保员工的合法权益不受侵害。
   • 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工时制度的约定，确保自己的权益得到保障。
   • 若双方对工时制度存在争议，应及时咨询专业律师或劳动行政部门，以维护自己的合法权益。

总结来说，单位和员工约定上24小时休48小时的工时制度是否合法，需根据具体情况判断。若该制度符合综合计算工时制或不定时工时制的适用条件，并已获得劳动行政部门的批准，则可能合法；否则，可能不合法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。