民事案件已过二十年但存在违法行为的情况，需根据违法行为的性质和法律规定来具体分析处理方式。以下是从不同角度的详细分析：
诉讼时效角度：
- 一般规定：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。这意味着，对于一般的民事案件，如果超过了三年的诉讼时效期间，权利人将失去通过诉讼程序保护自己民事权利的机会。但需要注意的是，诉讼时效的起算点是从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 特殊情况：对于某些特定的民事权利，如因国际货物买卖合同和技术进出口合同争议提起诉讼或者申请仲裁的期限为四年，以及自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护（有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长）。然而，这并不意味着违法行为本身不受追究，而是指通过民事诉讼程序来寻求救济的权利可能受到限制。
违法行为处理角度：
- 行政处罚：如果违法行为同时违反了行政法规，即使民事案件已过二十年，行政机关仍可能根据相关法律法规对违法行为人进行行政处罚。行政处罚的时效通常根据具体法律法规的规定来确定，且一般不受民事诉讼时效的限制。
- 刑事责任：对于构成犯罪的违法行为，无论民事案件是否已过二十年，司法机关都有权依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任。刑事责任的追究不受民事诉讼时效的限制，而是遵循刑事诉讼法的相关规定。
实际处理建议：
- 核实违法行为性质：首先，需要核实该违法行为是否同时违反了行政法规或构成犯罪。如果是，那么即使民事案件已过二十年，仍可能面临行政处罚或刑事责任。
- 咨询专业律师：由于法律问题的复杂性，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据具体情况分析诉讼时效、违法行为性质以及可能的法律后果，从而为你提供更全面的法律指导。
- 考虑和解或调解：如果违法行为涉及民事纠纷，且双方愿意通过和解或调解来解决争议，那么可以考虑在律师的协助下进行和解或调解。这有助于避免进一步的法律纠纷，并可能为你带来更快的解决方案。
总结来说，民事案件已过二十年并不意味着违法行为本身不受追究。是否还能对违法行为进行处理，取决于违法行为的性质以及相关法律法规的规定。如果违法行为同时违反了行政法规或构成犯罪，那么仍可能面临行政处罚或刑事责任。因此，建议你根据具体情况咨询专业律师，以获取更具体的法律建议。如果你有任何法律问题，都可以直接向我咨询。